[  etch  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Källkod: molphy  ]

Paket: molphy (2.3b3-2) [non-free]

[Biology] Program Package for MOLecular PHYlogenetics

ProtML is a main program in MOLPHY for inferring evolutionary trees from PROTein (amino acid) sequences by using the Maximum Likelihood method. Other programs (C language) 

 NucML:  Maximum Likelihood Inference of Nucleic Acid Phylogeny
 ProtST: Basic Statistics of Protein Sequences
 NucST:  Basic Statistics of Nucleic Acid Sequences
 NJdist: Neighbor Joining Phylogeny from Distance Matrix
Utilities (Perl) 
 mollist:  get identifiers list        molrev:   reverse DNA sequences
 molcat:   concatenate sequences       molcut:   get partial sequences
 molmerge: merge sequences             nuc2ptn:  DNA -> Amino acid
 rminsdel: remove INS/DEL sites        molcodon: get specified codon sites
 molinfo:  get varied sites            mol2mol:  MOLPHY format beautifer
 inl2mol:  Interleaved -> MOLPHY       mol2inl:  MOLPHY -> Interleaved
 mol2phy:  MOLPHY -> Sequential        phy2mol:  Sequential -> MOLPHY
 must2mol: MUST -> MOLPHY              etc.

Homepage: http://www.ism.ac.jp/ismlib/softother.e.html

Märken: Field: Biologi, Implemented in: C, Role: Program, Scope: Application

Andra paket besläktade med molphy

  • beror
  • rekommenderar
  • föreslår
  • dep: libc6 (>= 2.3.2.ds1-21) [i386, sparc]
    GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
    också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.3.5-1) [ej alpha, i386, ia64, sparc]
  • dep: libc6.1 (>= 2.3.2.ds1-21) [alpha]
    GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
    också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.3.5-1) [ia64]
  • dep: perl
    Larry Walls "Practical Extraction and Report Language"
  • sug: phylip
    [Biology] A package of programs for inferring phylogenies

Hämta molphy

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur Paketstorlek Installerad storlek Filer
alpha 356,4 kbyte996 kbyte [filförteckning]
arm 266,8 kbyte852 kbyte [filförteckning]
hppa 317,3 kbyte892 kbyte [filförteckning]
i386 250,8 kbyte832 kbyte [filförteckning]
ia64 428,3 kbyte1552 kbyte [filförteckning]
mips 315,7 kbyte1188 kbyte [filförteckning]
mipsel 317,3 kbyte1080 kbyte [filförteckning]
powerpc 286,8 kbyte908 kbyte [filförteckning]
sparc 278,2 kbyte848 kbyte [filförteckning]