Balík: libtfbs-perl (0.7.1+ds-3 a iné)

[ Zdroj: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Značky: Software Development: Perl Development, Knižnice, Pole: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementované v: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Vývojová knižnica, Program

Ostatné balíky súvisiace s balíkom libtfbs-perl

• dep: bioperl

  nástroje jazyka Perl na výpočtovú molekulárnu biológiu

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.22) [ppc64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  rozhranie k databáze Perl (DBI)

• dep: libwww-perl

  jednoduché a konzistentné rozhranie k www

• dep: pdl (>= 1:2.054-1) [alpha]

  perl data language: Perl extensions for numerics

  dep: pdl (>= 1:2.085-1) [ia64]

  dep: pdl (>= 1:2.085-1+b1) [nie alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: pdl (>= 1:2.087-1) [m68k, sh4]

  dep: pdl (>= 1:2.088-2) [hppa]

• dep: pdlapi-15 [alpha]

  virtuálny balík poskytovaný balíkom pdl

• dep: pdlapi-20 [nie alpha]

  virtuálny balík poskytovaný balíkom pdl

• dep: perl [alpha]

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [nie alpha, armhf, hppa, m68k, sh4]

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2+b1) [armhf, hppa, m68k, sh4]

• dep: perlapi-5.32.1 [alpha]

  Balík nie je dostupný

• dep: perlapi-5.38.2 [nie alpha, armel, armhf, hppa, m68k, sh4, x32]

  virtuálny balík poskytovaný balíkom perl-base

• dep: perlapi-5.38.2t64 [armel, armhf, hppa, m68k, sh4, x32]

  virtuálny balík poskytovaný balíkom perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libgd-perl

  alebo libgd-gd2-noxpm-perl

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libgd-perl

Stiahnuť libtfbs-perl

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.7.1+ds-1	229.0 kB	992.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.7.1+ds-3	216.5 kB	979.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.7.1+ds-3	216.8 kB	1,027.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.7.1+ds-3	217.6 kB	979.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.7.1+ds-3	215.8 kB	975.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	0.7.1+ds-3	217.1 kB	980.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.7.1+ds-3	217.1 kB	979.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	0.7.1+ds-3	218.4 kB	985.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	0.7.1+ds-3	215.8 kB	979.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.7.1+ds-3	216.6 kB	1,028.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.7.1+ds-3	217.8 kB	1,027.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.7.1+ds-3	217.4 kB	1,027.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	0.7.1+ds-3	217.0 kB	975.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	0.7.1+ds-3	216.8 kB	979.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	0.7.1+ds-3	216.8 kB	1,027.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.7.1+ds-3	216.6 kB	1,989.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.7.1+ds-3	216.4 kB	979.0 kB	[zoznam súborov]