[  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Zdroj: dialign-t  ]

Balík: dialign-tx (1.0.2-1)

Segment-based multiple sequence alignment

DIALIGN-TX is a command line tool to perform multiple alignment of protein or DNA sequences. It is a complete reimplementation of the segment-base approach including several new improvements and heuristics that significantly enhance the quality of the output alignments compared to DIALIGN 2.2 and DIALIGN-T. For pairwise alignment, DIALIGN-TX uses a fragment-chaining algorithm that favours chains of low-scoring local alignments over isolated high-scoring fragments. For multiple alignment, DIALIGN-TX uses an improved greedy procedure that is less sensitive to spurious local sequence similarities.

DIALIGN-TX has been published in Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann, Burkhard Morgenstern: Improvement of the segment-based approach for multiple sequence alignment by combining greedy and progressive alignment strategies, Algorithms for Molecular Biology 3:6, 2008

Značky: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text

Ostatné balíky súvisiace s balíkom dialign-tx

  • závisí
  • odporúča
  • navrhuje
  • dep: dialign-tx-data (= 1.0.2-1)
    Common data files for dialign-tx
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    knižnica GNU C - zdieľané knižnice
    tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    knižnica GNU C - zdieľané knižnice
    tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    knižnica GNU C - zdieľané knižnice
    tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [nie alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    knižnica GNU C - zdieľané knižnice
    tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

Stiahnuť dialign-tx

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra Veľkosť balíka Nainštalovaná veľkosť Súbory
alpha 65.0 kB192 kB [zoznam súborov]
amd64 56.4 kB164 kB [zoznam súborov]
armel 57.7 kB160 kB [zoznam súborov]
avr32 (neoficiálny port) 61.5 kB160 kB [zoznam súborov]
hppa 59.2 kB156 kB [zoznam súborov]
hurd-i386 50.8 kB152 kB [zoznam súborov]
i386 51.4 kB152 kB [zoznam súborov]
ia64 82.7 kB288 kB [zoznam súborov]
kfreebsd-amd64 56.4 kB134 kB [zoznam súborov]
kfreebsd-i386 51.3 kB122 kB [zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port) 44.2 kB148 kB [zoznam súborov]
mips 57.5 kB184 kB [zoznam súborov]
mipsel 57.7 kB184 kB [zoznam súborov]
powerpc 59.3 kB164 kB [zoznam súborov]
s390 55.3 kB156 kB [zoznam súborov]
sparc 55.5 kB164 kB [zoznam súborov]