[  etch  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Zdroj: molphy  ]

Balík: molphy (2.3b3-2) [non-free]

[Biology] Program Package for MOLecular PHYlogenetics

ProtML is a main program in MOLPHY for inferring evolutionary trees from PROTein (amino acid) sequences by using the Maximum Likelihood method. Other programs (C language) 

 NucML:  Maximum Likelihood Inference of Nucleic Acid Phylogeny
 ProtST: Basic Statistics of Protein Sequences
 NucST:  Basic Statistics of Nucleic Acid Sequences
 NJdist: Neighbor Joining Phylogeny from Distance Matrix
Utilities (Perl) 
 mollist:  get identifiers list        molrev:   reverse DNA sequences
 molcat:   concatenate sequences       molcut:   get partial sequences
 molmerge: merge sequences             nuc2ptn:  DNA -> Amino acid
 rminsdel: remove INS/DEL sites        molcodon: get specified codon sites
 molinfo:  get varied sites            mol2mol:  MOLPHY format beautifer
 inl2mol:  Interleaved -> MOLPHY       mol2inl:  MOLPHY -> Interleaved
 mol2phy:  MOLPHY -> Sequential        phy2mol:  Sequential -> MOLPHY
 must2mol: MUST -> MOLPHY              etc.

Homepage: http://www.ism.ac.jp/ismlib/softother.e.html

Značky: Field: Biology, Implemented in: C, Role: Program, Scope: Application

Ostatné balíky súvisiace s balíkom molphy

  • závisí
  • odporúča
  • navrhuje
  • dep: libc6 (>= 2.3.2.ds1-21) [i386, sparc]
    knižnica GNU C - zdieľané knižnice
    tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.3.5-1) [nie alpha, i386, ia64, sparc]
  • dep: libc6.1 (>= 2.3.2.ds1-21) [alpha]
    knižnica GNU C - zdieľané knižnice
    tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.3.5-1) [ia64]
  • dep: perl
    Practical Extraction and Report Language Larryho Walla
  • sug: phylip
    [Biology] A package of programs for inferring phylogenies

Stiahnuť molphy

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra Veľkosť balíka Nainštalovaná veľkosť Súbory
alpha 356.4 kB996 kB [zoznam súborov]
arm 266.8 kB852 kB [zoznam súborov]
hppa 317.3 kB892 kB [zoznam súborov]
i386 250.8 kB832 kB [zoznam súborov]
ia64 428.3 kB1552 kB [zoznam súborov]
mips 315.7 kB1188 kB [zoznam súborov]
mipsel 317.3 kB1080 kB [zoznam súborov]
powerpc 286.8 kB908 kB [zoznam súborov]
sparc 278.2 kB848 kB [zoznam súborov]