Package: maq (0.7.1-3 and others)

[ Source: maq  ]

сопоставляет короткие полиморфные ДНК с контрольными последовательностями

Maq (сокращение от Mapping and Assembly with Quality -- качественное сопоставление и сборка) строит блоки из коротких элементов, произведённых машинами создания последовательностей нового поколения. В особенности подходит для генетического анализатора Illumina-Solexa 1G и обладает начальной функциональностью для обработки данных ABI SOLiD. Maq ранее был известен как mapass2.

При помощи Maq вы можете:

 - Быстро сопоставлять элементы Illumina/SOLiD с контрольным геномом. При
   стандартных настройках один миллион пар элементов может быть отображён
   на геном человека примерно за 10 машинных часов при использовании менее
   1 Гб памяти.
 - Точно измерять вероятность ошибки для каждого отдельного элемента.
 - Создавать консенсусные генотипы, включая гомозиготный и гетерозиготный
   полиморфизм, с вероятностным качеством Phred для каждой базы.
 - Находить короткие инделы со спаренными конечными элементами.
 - Точно находить крупные делеции и транслокации со спаренными конечными
   элементами.
 - Обнаруживать потенциальные CNV при помощи проверки глубины.
 - Оценивать точность качества баз и проверять наличие систематических
   ошибок.

Однако Maq НЕ может:

 - Производить сборку с нуля. (Maq может только устанавливать консенсус,
   отображая элементы на известный контрольный геном.)
 - Отображать короткие элементы на себя. (Maq может только определять
   полное перекрытие элементов.)
 - Сопоставлять капиллярные элементы или 454-элементы с контрольным
   геномом. (Maq не может сопоставлять элементы длиннее 63bp.)

Этот пакет, скорее всего, будет полезен тем, что занимается биологией в области генетики или изучения геномов и кому необходимо собирать последовательности ДНК из фрагментов фиксированной длины.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C++, Perl, User Interface: Command Line, : qa::low-popcon, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Analysing, Comparing, Searching, Supports Format: Plain Text

Other Packages Related to maq

• dep: libc6 (>= 2.4)

  библиотека Embedded GNU C (динамические библиотеки)
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3.dfsg)

  библиотека сжатия

Download maq

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
powerpc	0.7.1-3+b1	351.3 kB	668.0 kB	[list of files]