Пакет: ska (1.0+dfsg-4)

[ Источник: ska  ]

Split Kmer Analysis

SKA (Split Kmer Analysis) is a toolkit for prokaryotic (and any other small, haploid) DNA sequence analysis using split kmers. A split kmer is a pair of kmers in a DNA sequence that are separated by a single base. Split kmers allow rapid comparison and alignment of small genomes, and is particulalry suited for surveillance or outbreak investigation. SKA can produce split kmer files from fasta format assemblies or directly from fastq format read sequences, cluster them, align them with or without a reference sequence and provide various comparison and summary statistics. Currently all testing has been carried out on high-quality Illumina read data, so results for other platforms may vary.

Другие пакеты, относящиеся к ska

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, mips64el, ppc64, riscv64, sh4, sparc64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

Загрузка ska

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	133,7 Кб	543,0 Кб	[список файлов]
amd64	143,9 Кб	451,0 Кб	[список файлов]
arm64	121,9 Кб	415,0 Кб	[список файлов]
armel	119,9 Кб	394,0 Кб	[список файлов]
armhf	124,9 Кб	314,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	138,9 Кб	436,0 Кб	[список файлов]
i386	149,6 Кб	482,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	175,0 Кб	846,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	117,8 Кб	422,0 Кб	[список файлов]
mips64el	125,3 Кб	514,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	138,2 Кб	545,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	138,4 Кб	543,0 Кб	[список файлов]
riscv64	140,4 Кб	363,0 Кб	[список файлов]
s390x	142,4 Кб	463,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	148,8 Кб	414,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	118,6 Кб	1 122,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	138,5 Кб	426,0 Кб	[список файлов]