Пакет: sim4 (0.0.20121010-8 и другие)

Ссылки для sim4

Ресурсы Debian:

Исходный код sim4:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [globin.bx.psu.edu]

Подобные пакеты:

tool for aligning cDNA and genomic DNA

sim4 is a similarity-based tool for aligning an expressed DNA sequence (EST, cDNA, mRNA) with a genomic sequence for the gene. It also detects end matches when the two input sequences overlap at one end (i.e., the start of one sequence overlaps the end of the other).

sim4 employs a blast-based technique to first determine the basic matching blocks representing the "exon cores". In this first stage, it detects all possible exact matches of W-mers (i.e., DNA words of size W) between the two sequences and extends them to maximal scoring gap-free segments. In the second stage, the exon cores are extended into the adjacent as-yet-unmatched fragments using greedy alignment algorithms, and heuristics are used to favor configurations that conform to the splice-site recognition signals (GT-AG, CT-AC). If necessary, the process is repeated with less stringent parameters on the unmatched fragments.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Роль: Программа, Область: Утилита, Цель: use::comparing, use::searching, Поддерживаемые форматы: Требуется дополнительный тег, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Другие пакеты, относящиеся к sim4

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.29) [не alpha, ia64, riscv64, sh4]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

Загрузка sim4

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.0.20121010-8	354,4 Кб	1 391,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.0.20121010-8	350,8 Кб	1 371,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.0.20121010-8	346,8 Кб	1 363,0 Кб	[список файлов]
armel	0.0.20121010-8	346,0 Кб	1 362,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.0.20121010-8	344,3 Кб	1 334,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.0.20121010-8	349,0 Кб	1 362,0 Кб	[список файлов]
i386	0.0.20121010-8	353,0 Кб	1 378,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.0.20121010-8	364,7 Кб	1 452,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.0.20121010-8	340,8 Кб	1 350,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.0.20121010-8	350,1 Кб	1 379,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.0.20121010-8	355,7 Кб	1 408,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.0.20121010-8	356,3 Кб	1 407,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.0.20121010-8+b1	352,4 Кб	1 355,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.0.20121010-8	349,9 Кб	1 375,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.0.20121010-8	349,8 Кб	1 342,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.0.20121010-8	345,9 Кб	1 369,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.0.20121010-8	349,6 Кб	1 366,0 Кб	[список файлов]