[  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Источник: sibsim4  ]

Пакет: sibsim4 (0.17-1)

align expressed RNA sequences on a DNA template

The SIBsim4 project is based on sim4, which is a program designed to align an expressed DNA sequence with a genomic sequence, allowing for introns. SIBsim4 is a fairly extensive rewrite of the original code with the following goals: 

 * speed improvement;
 * allow large, chromosome scale, DNA sequences to be used;
 * provide more detailed output about splice types;
 * provide more detailed output about polyA sites;
 * misc code cleanups and fixes.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: C, Пользовательский интерфейс: Командная строка, Роль: Программа, Область: Утилита, Цель: Сравнение, Поиск, Поддерживаемые форматы: Простой текст

Другие пакеты, относящиеся к sibsim4

  • зависимости
  • рекомендации
  • предложения
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
    также виртуальный пакет, предоставляемый libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
    также виртуальный пакет, предоставляемый libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
    также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [не alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
    также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

Загрузка sibsim4

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура Размер пакета В установленном виде Файлы
alpha 37,2 Кб116 Кб [список файлов]
amd64 32,0 Кб104 Кб [список файлов]
armel 32,9 Кб104 Кб [список файлов]
avr32 (неофициальный перенос) 34,0 Кб92 Кб [список файлов]
hppa 33,6 Кб104 Кб [список файлов]
hurd-i386 29,9 Кб96 Кб [список файлов]
i386 30,4 Кб96 Кб [список файлов]
ia64 47,3 Кб152 Кб [список файлов]
kfreebsd-amd64 33,2 Кб80 Кб [список файлов]
kfreebsd-i386 31,3 Кб72 Кб [список файлов]
m68k (неофициальный перенос) 27,6 Кб92 Кб [список файлов]
mips 34,2 Кб112 Кб [список файлов]
mipsel 34,2 Кб112 Кб [список файлов]
powerpc 33,9 Кб108 Кб [список файлов]
s390 33,7 Кб104 Кб [список файлов]
sparc 31,2 Кб104 Кб [список файлов]