Пакет: libtfbs-perl (0.7.1+ds-3 и другие)

[ Источник: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Теги: Разработка программного обеспечения: Разработка на Perl, Библиотеки, Область: field::biology, field::biology:bioinformatics, Реализовано на: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Роль: Библиотека разработчика, Программа

Другие пакеты, относящиеся к libtfbs-perl

• dep: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.22) [ppc64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Perl-интерфейс к базам данных (DBI)

• dep: libwww-perl

  простый и надёжный интерфейс для Всемирной паутины

• dep: pdl (>= 1:2.054-1) [alpha]

  perl data language: Perl extensions for numerics

  dep: pdl (>= 1:2.085-1) [ia64]

  dep: pdl (>= 1:2.085-1+b1) [не alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: pdl (>= 1:2.087-1) [m68k, sh4]

  dep: pdl (>= 1:2.088-2) [hppa]

• dep: pdlapi-15 [alpha]

  виртуальный пакет, предоставляемый pdl

• dep: pdlapi-20 [не alpha]

  виртуальный пакет, предоставляемый pdl

• dep: perl [alpha]

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [не alpha, armhf, hppa, m68k, sh4]

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2+b1) [armhf, hppa, m68k, sh4]

• dep: perlapi-5.32.1 [alpha]

  Пакет недоступен

• dep: perlapi-5.38.2 [не alpha, armel, armhf, hppa, m68k, sh4, x32]

  виртуальный пакет, предоставляемый perl-base

• dep: perlapi-5.38.2t64 [armel, armhf, hppa, m68k, sh4, x32]

  виртуальный пакет, предоставляемый perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  виртуальный пакет, предоставляемый libgd-perl

  или libgd-gd2-noxpm-perl

  виртуальный пакет, предоставляемый libgd-perl

Загрузка libtfbs-perl

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.7.1+ds-1	229,0 Кб	992,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.7.1+ds-3	216,5 Кб	979,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.7.1+ds-3	216,8 Кб	1 027,0 Кб	[список файлов]
armel	0.7.1+ds-3	217,6 Кб	979,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.7.1+ds-3	215,8 Кб	975,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.7.1+ds-3	217,1 Кб	980,0 Кб	[список файлов]
i386	0.7.1+ds-3	217,1 Кб	979,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.7.1+ds-3	218,4 Кб	985,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.7.1+ds-3	215,8 Кб	979,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.7.1+ds-3	216,6 Кб	1 028,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.7.1+ds-3	217,8 Кб	1 027,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.7.1+ds-3	217,4 Кб	1 027,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.7.1+ds-3	217,0 Кб	975,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.7.1+ds-3	216,8 Кб	979,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.7.1+ds-3	216,8 Кб	1 027,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.7.1+ds-3	216,6 Кб	1 989,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.7.1+ds-3	216,4 Кб	979,0 Кб	[список файлов]