[  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Источник: dialign-t  ]

Пакет: dialign-tx (1.0.2-1)

Segment-based multiple sequence alignment

DIALIGN-TX is a command line tool to perform multiple alignment of protein or DNA sequences. It is a complete reimplementation of the segment-base approach including several new improvements and heuristics that significantly enhance the quality of the output alignments compared to DIALIGN 2.2 and DIALIGN-T. For pairwise alignment, DIALIGN-TX uses a fragment-chaining algorithm that favours chains of low-scoring local alignments over isolated high-scoring fragments. For multiple alignment, DIALIGN-TX uses an improved greedy procedure that is less sensitive to spurious local sequence similarities.

DIALIGN-TX has been published in Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann, Burkhard Morgenstern: Improvement of the segment-based approach for multiple sequence alignment by combining greedy and progressive alignment strategies, Algorithms for Molecular Biology 3:6, 2008

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: C, Роль: Программа, Область: Утилита, Цель: Сравнение, Поддерживаемые форматы: Простой текст

Другие пакеты, относящиеся к dialign-tx

  • зависимости
  • рекомендации
  • предложения
  • dep: dialign-tx-data (= 1.0.2-1)
    Common data files for dialign-tx
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
    также виртуальный пакет, предоставляемый libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
    также виртуальный пакет, предоставляемый libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
    также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [не alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
    также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

Загрузка dialign-tx

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура Размер пакета В установленном виде Файлы
alpha 65,0 Кб192 Кб [список файлов]
amd64 56,4 Кб164 Кб [список файлов]
armel 57,7 Кб160 Кб [список файлов]
avr32 (неофициальный перенос) 61,5 Кб160 Кб [список файлов]
hppa 59,2 Кб156 Кб [список файлов]
hurd-i386 50,8 Кб152 Кб [список файлов]
i386 51,4 Кб152 Кб [список файлов]
ia64 82,7 Кб288 Кб [список файлов]
kfreebsd-amd64 56,4 Кб134 Кб [список файлов]
kfreebsd-i386 51,3 Кб122 Кб [список файлов]
m68k (неофициальный перенос) 44,2 Кб148 Кб [список файлов]
mips 57,5 Кб184 Кб [список файлов]
mipsel 57,7 Кб184 Кб [список файлов]
powerpc 59,3 Кб164 Кб [список файлов]
s390 55,3 Кб156 Кб [список файлов]
sparc 55,5 Кб164 Кб [список файлов]