Пакет: nanopolish (0.13.2-3)

[ Источник: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Другие пакеты, относящиеся к nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [не armel, armhf, mipsel, ppc64el]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не arm64]

  библиотека сжатия

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [arm64]

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  утилита управления компиляцией

• sug: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

Загрузка nanopolish

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2 199,8 Кб	9 539,0 Кб	[список файлов]
arm64	2 130,2 Кб	9 334,0 Кб	[список файлов]
armel	2 126,7 Кб	9 405,0 Кб	[список файлов]
armhf	2 141,1 Кб	8 985,0 Кб	[список файлов]
i386	2 247,0 Кб	9 797,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2 140,4 Кб	9 757,0 Кб	[список файлов]
mipsel	2 163,9 Кб	9 796,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2 202,2 Кб	9 795,0 Кб	[список файлов]
s390x	2 134,3 Кб	9 626,0 Кб	[список файлов]