[  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Source: sibsim4  ]

Package: sibsim4 (0.17-1)

Alinha sequências RNA expressas num modelo DNA

O projecto SIBsim4 é baseado no sim4, o qual é um programa desenhado para alinhar uma sequência DNA expressa com uma sequência genómica, permitindo introns. O SIBsim4 é uma reescrição bastante extensiva do código original com os seguintes objectivos: 

 * melhoria de velocidade;
 * permitir a utilização de grandes sequências DNA de escala de
   cromossomos;
 * disponibilizar resultados mais detalhados acerca dos tipos splice;
 * disponibilizar resultados mais detalhados acerca dos tipos polyA;
 * várias limpezas do código e correcções de erros.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Searching, Supports Format: Plain Text

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Download sibsim4

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Architecture Package Size Installed Size Files
alpha 37.2 kB116 kB [list of files]
amd64 32.0 kB104 kB [list of files]
armel 32.9 kB104 kB [list of files]
avr32 (unofficial port) 34.0 kB92 kB [list of files]
hppa 33.6 kB104 kB [list of files]
hurd-i386 29.9 kB96 kB [list of files]
i386 30.4 kB96 kB [list of files]
ia64 47.3 kB152 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 33.2 kB80 kB [list of files]
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s390 33.7 kB104 kB [list of files]
sparc 31.2 kB104 kB [list of files]