Package: dialign-tx (1.0.1-2)

Alinhamento de múltiplas sequências baseado em segmentação

DIALIGN-TX é uma ferramenta da linha de comandos para realizar o múltiplo alinhamento de proteínas ou sequências de DNA. É uma completa re-implementação da abordagem da base de segmentação incluindo vários novos melhoramentos e heurísticas que significativamente melhoram a qualidade da produção de alinhamentos, em comparação com DIALIGN 2.2 e DIALIGN-T. Para alinhamento pareado, o DIALIGN-TX usa um algoritmo de fragmentação em cadeia que favorece as cadeias de alinhamentos locais de baixa pontuação sobre os fragmentos isolados de alta pontuação. Para múltiplos alinhamentos, o DIALIGN-TX usa um procedimento melhorado e ganancioso que é menos sensível a semelhanças de sequências locais falsas.

O DIALIGN-TX foi publicado em Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann, Burkhard Morgenstern: Improvement of the segment-based approach for multiple sequence alignment by combining greedy and progressive alignment strategies, Algorithms for Molecular Biology 3:6, 2008

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text