Package: boxshade (3.3.1-7+wheezy1)

[ Source: boxshade  ]

embelezador de impressão de alinhamentos de seqüência múltipla

Boxshade é um programa para criar saídas de impressão de boa aparência a partir de seqüências de proteínas múltiplas alinhadas ou DNA. O programa não executa o alinhamento sozinho e requer como entrada um arquivo que tenha sido criado por um programa de alinhamento múltiplo ou editado manualmente com as respectivas ferramentas.

Boxshade lê seqüências múltiplas alinhadas a partir de arquivos PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data e ESEE-save (limitado a um máximo de 150 seqüências com até 10000 elementos cada). Vários tipos de sombreados podem ser aplicados a resíduos idênticos/similares. A saída é escrita na tela ou em um arquivo nos seguintes formatos: ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT, HTML

Tags: Biology: Clustal/ALN, Nucleic Acids, biology::peptidic, field::biology, Field: Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: scope::utility, use::typesetting, Supports Format: works-with-format::html, works-with-format::plaintext, works-with-format::postscript, works-with-format::tex, Works with: Need an extra tag

Other Packages Related to boxshade

• dep: libc0.1 (>= 2.7) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  biblioteca GNU C embarcada: bibliotecas compartilhadas
  also a virtual package provided by libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.13) [s390x]

  biblioteca GNU C embarcada: bibliotecas compartilhadas
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.13-28) [armhf]

  dep: libc6 (>= 2.7) [not armhf, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, s390x]

• dep: libc6.1 (>= 2.7) [ia64]

  biblioteca GNU C embarcada: bibliotecas compartilhadas
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• sug: kalign

  Global and progressive multiple sequence alignment

  or clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

  or mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

  or hmmer

  perfis "hidden Markov models" para análise de seqüência de proteína

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live: LaTeX supplementary packages

• sug: xfig

  Ferramenta para Geração Interativa de figuras sob o X11.

Download boxshade

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	52.5 kB	114.0 kB	[list of files]
armel	53.6 kB	167.0 kB	[list of files]
armhf	48.3 kB	155.0 kB	[list of files]
i386	49.0 kB	164.0 kB	[list of files]
ia64	68.4 kB	208.0 kB	[list of files]
kfreebsd-amd64	52.6 kB	120.0 kB	[list of files]
kfreebsd-i386	48.9 kB	115.0 kB	[list of files]
mips	48.8 kB	180.0 kB	[list of files]
mipsel	49.3 kB	180.0 kB	[list of files]
powerpc	51.2 kB	172.0 kB	[list of files]
s390	54.0 kB	175.0 kB	[list of files]
s390x	56.3 kB	183.0 kB	[list of files]
sparc	49.3 kB	168.0 kB	[list of files]