[  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Source: sibsim4  ]

Package: sibsim4 (0.17-1)

seqüências de RNA expressadas em alinhamento em um modelo de DNA

O projeto SIBsim4 é baseado no sim4, o qual é uma programa desenhado para alinhar uma seqüência de DNA expressada com uma seqüência genômica, permitindo intrões ("introns"). O SIBsim4 é uma reescrita bastante ampla do código original com as seguintes metas: 

 * melhora na velocidade;
 * permite o uso de seqüências de DNA, em escala de cromossomos, grandes;
 * fornece saída mais detalhada sobre tipos de "splices";
 * fornece saída mais detalhada sobre locais polyA;
 * uma miscelânea de limpeza de código e correções.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Searching, Supports Format: Plain Text

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Download sibsim4

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
alpha 37.2 kB116 kB [list of files]
amd64 32.0 kB104 kB [list of files]
armel 32.9 kB104 kB [list of files]
avr32 (unofficial port) 34.0 kB92 kB [list of files]
hppa 33.6 kB104 kB [list of files]
hurd-i386 29.9 kB96 kB [list of files]
i386 30.4 kB96 kB [list of files]
ia64 47.3 kB152 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 33.2 kB80 kB [list of files]
kfreebsd-i386 31.3 kB72 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 27.6 kB92 kB [list of files]
mips 34.2 kB112 kB [list of files]
mipsel 34.2 kB112 kB [list of files]
powerpc 33.9 kB108 kB [list of files]
s390 33.7 kB104 kB [list of files]
sparc 31.2 kB104 kB [list of files]