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[ Source: boxshade  ]

Package: boxshade (3.3.1-3)

embelezador de impressão de alinhamentos de seqüência múltipla

Boxshade é um programa para criar saídas de impressão de boa aparência a partir de seqüências de proteínas múltiplas alinhadas ou DNA. O programa não executa o alinhamento sozinho e requer como entrada um arquivo que tenha sido criado por um programa de alinhamento múltiplo ou editado manualmente com as respectivas ferramentas.

Boxshade lê seqüências múltiplas alinhadas a partir de arquivos PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data e ESEE-save (limitado a um máximo de 150 seqüências com até 10000 elementos cada). Vários tipos de sombreados podem ser aplicados a resíduos idênticos/similares. A saída é escrita na tela ou em um arquivo nos seguintes formatos: ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT, HTML

Tags: Biology: Clustal/ALN, Nucleic Acids, Proteins, Software Development: Prettyprint, Field: Biology, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Data Conversion, Supports Format: HTML, Hypertext Markup Language, Plain Text, PostScript, TeX and LaTeX

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  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
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    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • sug: kalign
    Global and progressive multiple sequence alignment
    or clustalw
    global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
    or mafft
    Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
    or hmmer
    perfis "hidden Markov models" para análise de seqüência de proteína
  • sug: seaview
    editor de alinhamento de seqüência múltipla
  • sug: texlive-latex-extra
    TeX Live: LaTeX supplementary packages
  • sug: xfig
    Ferramenta para Geração Interativa de figuras sob o X11.

Download boxshade

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
alpha 54.8 kB268 kB [list of files]
amd64 51.0 kB244 kB [list of files]
arm 49.2 kB236 kB [list of files]
armel 51.4 kB240 kB [list of files]
hppa 53.1 kB248 kB [list of files]
hurd-i386 44.8 kB228 kB [list of files]
i386 44.9 kB232 kB [list of files]
ia64 65.8 kB332 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 (unofficial port) 51.0 kB170 kB [list of files]
kfreebsd-i386 (unofficial port) 44.7 kB156 kB [list of files]
m68k 43.3 kB224 kB [list of files]
mips 52.2 kB284 kB [list of files]
mipsel 52.4 kB284 kB [list of files]
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sparc 48.2 kB240 kB [list of files]