Pakiet: ivar (1.4.2+dfsg-3 i inne)

[ Pakiet źródłowy: ivar  ]

functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing

iVar is a computational package that contains functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains an intersection of functionality from multiple tools that are required to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across multiple replicates. iVar provided the following functions:

 1. trimming of primers and low-quality bases,
 2. consensus calling,
 3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
 4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
    corresponding reads from alignment files.

Inne pakiety związane z ivar

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64, sh4, sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Pobieranie ivar

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1.4.2+dfsg-3+b1	222,5 KiB	1 523,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.4.2+dfsg-3+b1	202,9 KiB	1 487,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.4.2+dfsg-3+b1	212,5 KiB	1 480,0 KiB	[lista plików]
i386	1.4.2+dfsg-3+b1	233,1 KiB	1 537,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.4.2+dfsg-3+b1	197,4 KiB	1 473,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.4.2+dfsg-3+b1	211,6 KiB	1 632,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.4.2+dfsg-3+b2	214,9 KiB	1 419,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.4.2+dfsg-3+b1	223,7 KiB	1 458,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.4.2+dfsg-3+b1	192,9 KiB	2 195,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.4.2+dfsg-3+b1	222,6 KiB	1 494,0 KiB	[lista plików]