Pakiet: hhsuite (3.3.0+ds-8 i inne)

[ Pakiet źródłowy: hhsuite  ]

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).

This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.

HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise alignments for homology modeling.

HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST, HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate alignments.

Inne pakiety związane z hhsuite

• dep: ffindex (>= 0.9.9.8) [hppa, ppc64, sparc64]

  simple index/database for huge amounts of small files

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-2) [hppa, ppc64, sparc64]

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)

  dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-8) [nie hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie hppa, ppc64, sparc64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

Pobieranie hhsuite

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	3.3.0+ds-8	10 327,0 KiB	79 946,0 KiB	[lista plików]
amd64	3.3.0+ds-8	53 844,3 KiB	464 795,0 KiB	[lista plików]
arm64	3.3.0+ds-8	10 148,6 KiB	77 878,0 KiB	[lista plików]
armel	3.3.0+ds-8	10 179,6 KiB	77 665,0 KiB	[lista plików]
armhf	3.3.0+ds-8	10 144,3 KiB	75 637,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	3.3.0+ds-2	10 281,4 KiB	77 679,0 KiB	[lista plików]
i386	3.3.0+ds-8	72 219,2 KiB	624 406,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	3.3.0+ds-8	24 380,8 KiB	86 383,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	3.3.0+ds-8	10 253,5 KiB	78 285,0 KiB	[lista plików]
mips64el	3.3.0+ds-8	10 091,0 KiB	79 847,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	3.3.0+ds-2	10 250,3 KiB	79 324,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	3.3.0+ds-8	10 333,8 KiB	79 798,0 KiB	[lista plików]
riscv64	3.3.0+ds-8+b1	10 375,9 KiB	76 735,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	3.3.0+ds-8	10 504,4 KiB	78 760,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	3.3.0+ds-2	10 110,0 KiB	77 955,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	3.3.0+ds-8	10 432,0 KiB	77 929,0 KiB	[lista plików]