wszystkie opcje
bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Pakiet źródłowy: rockhopper  ]

Pakiet: rockhopper (2.0.3+dfsg2-3)

Odnośniki dla rockhopper

Screenshot

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego rockhopper:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Podobne pakiety:

system for analyzing bacterial RNA-seq data

Rockhopper is a comprehensive and user-friendly system for computational analysis of bacterial RNA-seq data. As input, Rockhopper takes RNA sequencing reads output by high-throughput sequencing technology (FASTQ, QSEQ, FASTA, SAM, or BAM files). Rockhopper supports the following tasks:

 * Reference based transcript assembly (when one or more reference
   genomes are available)
   - Aligning reads to genomes
   - Assembling transcripts
   - Identifying transcript boundaries and novel transcripts such as
     small RNAs
 * De novo transcript assembly (when reference genomes are unavailable)
 * Normalizing data from different experiments
 * Quantifying transcript abundance
 * Testing for differential gene expression
 * Characterizing operon structures
 * Visualizing results in a genome browser

Inne pakiety związane z rockhopper

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • enhances

Pobieranie rockhopper

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
all 582,7 KiB650,0 KiB [lista plików]