[  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Bron: sibsim4  ]

Pakket: sibsim4 (0.17-1)

align expressed RNA sequences on a DNA template

The SIBsim4 project is based on sim4, which is a program designed to align an expressed DNA sequence with a genomic sequence, allowing for introns. SIBsim4 is a fairly extensive rewrite of the original code with the following goals: 

 * speed improvement;
 * allow large, chromosome scale, DNA sequences to be used;
 * provide more detailed output about splice types;
 * provide more detailed output about polyA sites;
 * misc code cleanups and fixes.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Searching, Supports Format: Plain Text

Andere aan sibsim4 gerelateerde pakketten

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C Bibliotheek: Gedeelde bibliotheken
    Ook een virtueel pakket geboden door: libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU C Bibliotheek: Gedeelde bibliotheken
    Ook een virtueel pakket geboden door: libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    GNU C Bibliotheek: Gedeelde bibliotheken
    Ook een virtueel pakket geboden door: libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [niet alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C Bibliotheek: Gedeelde bibliotheken
    Ook een virtueel pakket geboden door: libc6.1-udeb

sibsim4 downloaden

Pakket downloaden voor alle beschikbare platforms
Platform Pakketgrootte Geïnstalleerde grootte Bestanden
alpha 37,2 kB116 kB [overzicht]
amd64 32,0 kB104 kB [overzicht]
armel 32,9 kB104 kB [overzicht]
avr32 (unofficial port) 34,0 kB92 kB [overzicht]
hppa 33,6 kB104 kB [overzicht]
hurd-i386 29,9 kB96 kB [overzicht]
i386 30,4 kB96 kB [overzicht]
ia64 47,3 kB152 kB [overzicht]
kfreebsd-amd64 33,2 kB80 kB [overzicht]
kfreebsd-i386 31,3 kB72 kB [overzicht]
m68k (unofficial port) 27,6 kB92 kB [overzicht]
mips 34,2 kB112 kB [overzicht]
mipsel 34,2 kB112 kB [overzicht]
powerpc 33,9 kB108 kB [overzicht]
s390 33,7 kB104 kB [overzicht]
sparc 31,2 kB104 kB [overzicht]