パッケージ: molphy (2.3b3-5) [non-free]

[ ソース: molphy  ]

Program Package for MOLecular PHYlogenetics

ProtML is a main program in MOLPHY for inferring evolutionary trees from PROTein (amino acid) sequences by using the Maximum Likelihood method. Other programs (C language)

 NucML:  Maximum Likelihood Inference of Nucleic Acid Phylogeny
 ProtST: Basic Statistics of Protein Sequences
 NucST:  Basic Statistics of Nucleic Acid Sequences
 NJdist: Neighbor Joining Phylogeny from Distance Matrix

Utilities (Perl)

 mollist:  get identifiers list        molrev:   reverse DNA sequences
 molcat:   concatenate sequences       molcut:   get partial sequences
 molmerge: merge sequences             nuc2ptn:  DNA -> Amino acid
 rminsdel: remove INS/DEL sites        molcodon: get specified codon sites
 molinfo:  get varied sites            mol2mol:  MOLPHY format beautifer
 inl2mol:  Interleaved -> MOLPHY       mol2inl:  MOLPHY -> Interleaved
 mol2phy:  MOLPHY -> Sequential        phy2mol:  Sequential -> MOLPHY
 must2mol: MUST -> MOLPHY              etc.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: C, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: 解析, 比較

その他の molphy 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.7-1) [ia64 以外]

  組込用 GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [ia64]

  組込用 GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

molphy のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	276.1 kB	876.0 kB	[ファイル一覧]
armel	307.2 kB	912.0 kB	[ファイル一覧]
i386	236.0 kB	816.0 kB	[ファイル一覧]
ia64	410.4 kB	1,432.0 kB	[ファイル一覧]
mips	310.4 kB	1,024.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	311.2 kB	984.0 kB	[ファイル一覧]
powerpc	299.7 kB	908.0 kB	[ファイル一覧]
s390	268.2 kB	856.0 kB	[ファイル一覧]
sparc	268.5 kB	840.0 kB	[ファイル一覧]