パッケージ: dialign-tx (1.0.2-1)

セグメントベースの多重配列アライメント

DIALIGN-TX はタンパク質または DNA 配列のマルチプルアライメントを実行するた めのコマンドラインツールです。セグメントベースのアプローチの完全な再実装で あり、DIALIGN 2.2 や DIALIGN-T と比較して出力アライメントの品質を有意に向上 するいくつかの新たな改良や発見的手法を含んでいます。ペアワイズアライメント において、DIALIGN-TX は、低スコアの局所アライメントの連鎖を孤立した高スコア の断片より好む、断片連鎖アルゴリズムを使用します。マルチプルアライメントで は、偽の局所的な配列類似性に対する感度を落とすように改良された貪欲法を使用 します。

DIALIGN-TX は Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann, Burkhard Morgenstern: Improvement of the segment-based approach for multiple sequence alignment by combining greedy and progressive alignment strategies, Algorithms for Molecular Biology 3:6, 2008 にて公表されました。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: C, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: 比較, サポート形式: プレーンテキスト