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[ ソース: sim4  ]

パッケージ: sim4 (0.0.20030921-3)

cDNA とゲノム DNA の整列用ツール

sim4 は 遺伝子のゲノム配列を持つ発現 DNA 配列 (EST、cDNA、mRNA) を整列させるための 類似性ベースのツールです。二つの入力配列が片方の端で重なる (すなわち、一つの配列の 開始位置がもう一方の終了位置に重なる) 時に終端の一致も検知します。

sim4 は balst ベースの技術を利用し、最初に "エクソンコア" を表す基本的な マッチングブロックを決定します。第一段階では、二つの配列間で W-mers (すなわちサイズ W の DNA ワード) のありうる全ての正確な一致を検知し、 それらを最高得点のギャップフリーセグメントに拡張します。 第二段階では、エクソンコアは greedy 配列アルゴリズムを用いて隣接した 依然一致していない断片に拡張されます。そして、splice-site 認識信号 (GT-AG、CT-AC) に従う設定に適合するように発見的手法が利用されます。

タグ: 分野: 生物学, 実装言語: C, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, サポート形式: Plain Text

その他の sim4 関連パッケージ

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  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k 以外]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

sim4 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
alpha 59.0 kB164 kB [ファイル一覧]
amd64 53.4 kB144 kB [ファイル一覧]
arm 49.3 kB132 kB [ファイル一覧]
armel 52.8 kB140 kB [ファイル一覧]
hppa 53.9 kB140 kB [ファイル一覧]
hurd-i386 47.8 kB132 kB [ファイル一覧]
i386 48.8 kB132 kB [ファイル一覧]
ia64 75.8 kB220 kB [ファイル一覧]
kfreebsd-amd64 (非公式の移植版) 53.3 kB118 kB [ファイル一覧]
kfreebsd-i386 (非公式の移植版) 47.7 kB106 kB [ファイル一覧]
m68k 42.4 kB124 kB [ファイル一覧]
mips 55.2 kB160 kB [ファイル一覧]
mipsel 55.9 kB164 kB [ファイル一覧]
powerpc 53.5 kB144 kB [ファイル一覧]
s390 51.4 kB140 kB [ファイル一覧]
sparc 49.2 kB136 kB [ファイル一覧]