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[ ソース: poa  ]

パッケージ: poa (2.0+20060928-2)

多重配列整列のための部分的順序整列

POA は Partial Order Alignment の略であり、バイオインフォマティクス の分野における 多重配列整列 (MSA) 用の高速なプログラムです。 速度、スケーラビリティ、感度、そして配列における分岐 / indels の扱い に優れていることが利点です。部分的順序配列は MSA の一手法であり、 漸進的整列などの既存の方法と組み合わせ可能です。POA は MSA の対を 最適に配列し、それゆえ、CRUSTAL のような漸進的配列手法に直接適用 できます。大規模配列に対して漸進的 POA は CRUSTALW よりも 10-30 倍 高速です。POA は Bioinformatics. 2004 Jul 10;20(10):1546-56 で公開 されています。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: C, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, サポート形式: プレーンテキスト

その他の poa 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k 以外]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
  • sug: blast2
    基本的なローカル配列検索ツール

poa のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
alpha 51.2 kB228 kB [ファイル一覧]
amd64 49.0 kB196 kB [ファイル一覧]
armel 52.1 kB204 kB [ファイル一覧]
avr32 (非公式の移植版) 46.6 kB184 kB [ファイル一覧]
hppa 48.0 kB212 kB [ファイル一覧]
hurd-i386 44.1 kB180 kB [ファイル一覧]
i386 44.1 kB184 kB [ファイル一覧]
ia64 69.8 kB368 kB [ファイル一覧]
kfreebsd-amd64 49.1 kB150 kB [ファイル一覧]
kfreebsd-i386 43.9 kB136 kB [ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版) 40.6 kB176 kB [ファイル一覧]
mips 48.0 kB252 kB [ファイル一覧]
mipsel 49.2 kB260 kB [ファイル一覧]
powerpc 46.5 kB208 kB [ファイル一覧]
s390 51.8 kB208 kB [ファイル一覧]
sparc 45.7 kB216 kB [ファイル一覧]