パッケージ: pbdagcon (0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8 など)

[ ソース: pbdagcon  ]

sequence consensus using directed acyclic graphs

pbdagcon is a tool that implements DAGCon (Directed Acyclic Graph Consensus) which is a sequence consensus algorithm based on using directed acyclic graphs to encode multiple sequence alignment.

It uses the alignment information from blasr to align sequence reads to a "backbone" sequence. Based on the underlying alignment directed acyclic graph (DAG), it will be able to use the new information from the reads to find the discrepancies between the reads and the "backbone" sequences. A dynamic programming process is then applied to the DAG to find the optimum sequence of bases as the consensus. The new consensus can be used as a new backbone sequence to iteratively improve the consensus quality.

While the code is developed for processing PacBio(TM) raw sequence data, the algorithm can be used for general consensus purpose. Currently, it only takes FASTA input. For shorter read sequences, one might need to adjust the blasr alignment parameters to get the alignment string properly.

The code and the underlying graphical data structure have been used for some algorithm development prototyping including phasing reads and pre-assembly.

その他の pbdagcon 関連パッケージ

• dep: libblasr [x32]

  tools for aligning PacBio reads to target sequences

• dep: libblasr5.3.5 (>= 5.3.5+dfsg) [m68k, sh4, x32 以外]

  tools for aligning PacBio reads to target sequences

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.28) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.33) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [x32]

  パッケージは利用できません

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  パッケージは利用できません

• dep: libhdf5-103 [m68k, sh4]

  HDF5 C runtime files - serial version (transitional package)

• dep: libhdf5-cpp-103 (>= 1.8.13) [m68k, sh4]

  HDF5 - C++ runtime files - serial version (transitional package)

• dep: libhts2 (>= 1.0) [m68k, sh4]

  パッケージは利用できません

• dep: libpbbam0.23.0 (>= 0.23.0+dfsg) [m68k, sh4]

  パッケージは利用できません

• dep: libpbbam2.0.0 (>= 2.0.0+dfsg) [alpha]

  パッケージは利用できません

• dep: libpbbam2.1.0 (>= 2.1.0+dfsg) [ia64, riscv64]

  Pacific Biosciences binary alignment/map (BAM) library

• dep: libpbdata [x32]

  tools for handling PacBio sequences

• dep: libpbseq [m68k, sh4]

  library for analyzing PacBio sequencing data

  dep: libpbseq (>= 5.3.5+dfsg-4~) [m68k, sh4, x32 以外]

• dep: libstdc++6 (>= 11) [mips64el]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 12) [m68k, mips64el, sh4, x32 以外]

  dep: libstdc++6 (>= 6) [m68k, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [m68k, sh4]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• sug: blasr

  mapping single-molecule sequencing reads

pbdagcon のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8	350.4 kB	1,534.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8	347.1 kB	1,294.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8	313.9 kB	1,218.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8	425.3 kB	2,622.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.3+git20161121.0000000+ds-1.1+b1	251.6 kB	989.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8	316.4 kB	1,556.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8	361.7 kB	1,650.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64 (非公式の移植版)	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8+b1	326.9 kB	1,060.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.3+git20161121.0000000+ds-1.1+b1	301.0 kB	905.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0~20160325+ds-1	188.4 kB	500.0 kB	[ファイル一覧]