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[ ソース: mummer  ]

パッケージ: mummer (3.20-3)

遺伝子全体の効率的な配列アライメント

MUMmer は完全な形式又はドラフトの形式かどうかにかかわらず、遺伝子全体を高速に アライメントするためのシステムです。例えば、MUMmer 3.0 は 2.4 GHz CPU を搭載した Linux デスクトップコンピュータ上で 78 MB のメモリを使って 5 メガバイトの ゲノムの対から 20 basepair 又はより長い完全マッチングを全て 13.7 秒で発見できます。 MUMmer は不完全なゲノムもアライメントできます; shotgun アライメントプロジェクト 由来の 100 個又は 1000 個の contig を簡単に処理でき、それらを他の contig や システムに含まれる NUCmer プログラムを使った遺伝子にアライメントできます。 種が DNA 配置アライメントには分散しすぎて類似性を見つけられない場合、PROmer プログラムは両者の入力配列の 6 フレーム変換に基づき配列を生成できます。

タグ: 分野: 生物学, 役割: プログラム

その他の mummer 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: csh
    C ライクな構文を持った、BSD スタイルの標準ログインシェル
  • dep: gawk
    GNU awk - パターン検索 & 処理言語
  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc0.1-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [alpha, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k 以外]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [arm, armel, hppa, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k 以外]
    GCC 共有ライブラリ
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [arm, armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
    GCC 共有ライブラリ
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
    GCC 共有ライブラリ
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1) [armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386 以外]
    GNU 標準 C++ ライブラリ v3
    dep: libstdc++6 (>= 4.3) [armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
  • dep: perl
    Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

mummer のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
alpha 420.8 kB1312 kB [ファイル一覧]
amd64 392.3 kB1156 kB [ファイル一覧]
arm 395.0 kB1088 kB [ファイル一覧]
armel 366.9 kB1048 kB [ファイル一覧]
hppa 433.3 kB1168 kB [ファイル一覧]
i386 370.1 kB972 kB [ファイル一覧]
ia64 566.0 kB1856 kB [ファイル一覧]
kfreebsd-amd64 (非公式の移植版) 392.9 kB1054 kB [ファイル一覧]
kfreebsd-i386 (非公式の移植版) 374.0 kB970 kB [ファイル一覧]
m68k 352.3 kB1048 kB [ファイル一覧]
mips 408.4 kB1300 kB [ファイル一覧]
mipsel 409.9 kB1292 kB [ファイル一覧]
powerpc 420.8 kB1184 kB [ファイル一覧]
s390 379.7 kB1084 kB [ファイル一覧]
sparc 378.0 kB1108 kB [ファイル一覧]