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[ ソース: clustalw  ]

パッケージ: clustalw (2.0.12-1 など) [non-free]

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

This program performs an alignment of multiple nucleotide or amino acid sequences. It recognizes the format of input sequences and whether the sequences are nucleic acid (DNA/RNA) or amino acid (proteins). The output format may be selected from in various formats for multiple alignments such as Phylip or FASTA. Clustal W is very well accepted.

The output of Clustal W can be edited manually but preferably with an alignment editor like SeaView or within its companion Clustal X. When building a model from your alignment, this can be applied for improved database searches. The Debian package hmmer creates such in form of an HMM.

タグ: 生物学: Clustal/ALN, biology::format:fasta, 核酸, タンパク質, 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: C++, ユーザインタフェース: コマンドライン, テキストベースの対話, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: 比較, サポート形式: プレーンテキスト

その他の clustalw 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]
    dep: libc6 (>= 2.2.5) [amd64]
    dep: libc6 (>= 2.4) [armel, s390]
    dep: libc6 (>= 2.6) [sparc]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [mips, mipsel, powerpc]
  • dep: libc6.1 (>= 2.2) [ia64]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [armel, hppa 以外]
    GCC 共有ライブラリ
    dep: libgcc1 (>= 1:4.4.0) [armel]
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
    GCC 共有ライブラリ
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1) [armel 以外]
    GNU 標準 C++ ライブラリ v3
    dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [armel]
  • dep: libunwind7 [ia64]
    プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
  • sug: clustalx
    Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences (graphical interface)
  • sug: seaview
    Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

clustalw のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ バージョン パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
alpha 2.0.12-1 368.9 kB1064 kB [ファイル一覧]
amd64 2.0.12-1 332.7 kB880 kB [ファイル一覧]
armel 2.0.12-1 320.4 kB804 kB [ファイル一覧]
hppa 2.0.12-1 373.9 kB900 kB [ファイル一覧]
i386 2.0.12-1 318.4 kB852 kB [ファイル一覧]
ia64 2.0.12-1 464.1 kB1532 kB [ファイル一覧]
mips 2.0.10-1 330.3 kB1104 kB [ファイル一覧]
mipsel 2.0.10-1 329.9 kB1040 kB [ファイル一覧]
powerpc 2.0.10-1 336.5 kB876 kB [ファイル一覧]
s390 2.0.12-1 318.9 kB832 kB [ファイル一覧]
sparc 2.0.12-1 351.2 kB948 kB [ファイル一覧]