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[ ソース: clustalw  ]

パッケージ: clustalw (2.0.9-1 など) [non-free]

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

This program performs an alignment of multiple nucleotide or amino acid sequences. It recognizes the format of input sequences and whether the sequences are nucleic acid (DNA/RNA) or amino acid (proteins). The output format may be selected from in various formats for multiple alignments such as Phylip or FASTA. Clustal W is very well accepted.

The output of Clustal W can be edited manually but preferably with an alignment editor like SeaView or within its companion Clustal X. When building a model from your alignment, this can be applied for improved database searches. The Debian package hmmer creates such in form of an HMM.

For details and citation purposes see paper "Clustal W and Clustal X version 2.0", Larkin M., et al. Bioinformatics 2007 23(21):2947-2948

タグ: 生物学: Clustal/ALN, biology::format:fasta, 核酸, タンパク質, 分野: バイオインフォマティクス, 実装言語: C++, ユーザインタフェース: コマンドライン, テキストベースの対話, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: 比較, サポート形式: プレーンテキスト

その他の clustalw 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: libc6 (>= 2.3.1-1) [m68k]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [alpha, ia64, m68k 以外]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [arm, hppa, m68k 以外]
    GCC 共有ライブラリ
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [arm]
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
    GCC 共有ライブラリ
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1) [m68k 以外]
    GNU 標準 C++ ライブラリ v3
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
  • sug: clustalx
    GUI for Clustal W
  • sug: seaview
    Multiple sequence alignment editor

clustalw のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ バージョン パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
alpha 2.0.9-1 345.6 kB1036 kB [ファイル一覧]
amd64 2.0.9-1 320.2 kB852 kB [ファイル一覧]
arm 2.0.9-1 367.2 kB904 kB [ファイル一覧]
hppa 2.0.9-1 357.8 kB864 kB [ファイル一覧]
i386 2.0.9-1 306.4 kB824 kB [ファイル一覧]
ia64 2.0.9-1 446.0 kB1476 kB [ファイル一覧]
m68k 1.83-1 147.2 kB364 kB [ファイル一覧]
mips 2.0.9-1 322.4 kB1080 kB [ファイル一覧]
mipsel 2.0.9-1 321.8 kB1080 kB [ファイル一覧]
powerpc 2.0.9-1 327.6 kB856 kB [ファイル一覧]
s390 2.0.9-1 303.9 kB804 kB [ファイル一覧]
sparc 2.0.9-1 339.9 kB920 kB [ファイル一覧]