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[ ソース: bioperl  ]

パッケージ: bioperl (1.5.2.102-3)

Perl tools for computational molecular biology

The Bioperl project is a coordinated effort to collect computational methods routinely used in bioinformatics into a set of standard CPAN-style, well-documented, and freely available Perl modules. It is well-accepted throughout the community and used in many high-profile projects, e.g., Ensembl.

When publishing work prepared with this package, you should cite: J.E. Stajich, D. Block, K. Boulez, S.E. Brenner, S.A. Chervitz, C. Dagdigian, G. Fuellen, J.G. Gilbert, I. Korf, H. Lapp, H. Lehvaslaiho, C. Matsalla, C.J. Mungall, B.I. Osborne, M.R. Pocock, P. Schattner, M. Senger, L.D. Stein, E. Stupka, M.D. Wilkinson, E. Birney (2002) "The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences." Genome Res. 12(10):1611-1618.

その他の bioperl 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: libio-string-perl
    Emulate IO::File interface for in-core strings
  • dep: perl (>= 5.6.0-16)
    Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
  • rec: liburi-perl
    URI 文字列の操作およびアクセス
  • rec: libwww-perl
    Perl 用 WWW クライアント/サーバライブラリ (別名 LWP)
  • rec: libxml-writer-perl
    Perl module for writing XML documents
  • sug: blast2
    基本的なローカル配列検索ツール
  • sug: clustalw
    global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
  • sug: emboss
    European Molecular Biology Open Software Suite
  • sug: exonerate
    generic tool for pairwise sequence comparison
  • sug: glimmer
    パッケージは利用できません
  • sug: hmmer
    profile hidden Markov models for protein sequence analysis
  • sug: libace-perl
    パッケージは利用できません
  • sug: libbio-asn1-entrezgene-perl
    parser for NCBI Entrez Gene and NCBI Sequence records
  • sug: libclass-autoclass-perl
    パッケージは利用できません
  • sug: libclone-perl
    recursively copy Perl datatypes
  • sug: libconvert-binary-c-perl
    パッケージは利用できません
  • sug: libdata-stag-xmlwriter-perl
    パッケージは利用できません
  • sug: libdbd-mysql-perl
    MySQL データベースへの Perl5 データベースインターフェイス
  • sug: libgd-gd2-perl
    Perl module wrapper for libgd - gd2 variant
  • sug: libgraph-perl
    Perl module for graph data structures and algorithms
  • sug: libhtml-parser-perl
    A collection of modules that parse HTML text documents
  • sug: libpostscript-perl
    generate PostScript code
  • sug: libset-scalar-perl
    Operations on finite sets
  • sug: libsoap-lite-perl
    Client and server side SOAP implementation
  • sug: libspreadsheet-parseexcel-perl
    access information from Excel Spreadsheets
  • sug: libsvg-graph-perl
    visualize your data in SVG format
  • sug: libsvg-perl
    perl module to generate SVG images
  • sug: libtext-shellwords-perl
    パッケージは利用できません
  • sug: libxml-parser-perl
    Perl module for parsing XML files
  • sug: libxml-perl
    Perl modules for working with XML
  • sug: libxml-sax-perl
    Perl module for using and building Perl SAX2 XML processors
  • sug: libxml-sax-writer-perl
    Perl module for a SAX2 XML writer
  • sug: libxml-twig-perl
    Perl module for processing huge XML documents in tree mode
  • sug: molphy
    Program Package for MOLecular PHYlogenetics
  • sug: phylip
    [Biology] A package of programs for inferring phylogenies
  • sug: primer3
    DNA 増幅用 flanking オリゴクレオチド設計ツール
  • sug: repeatmasker
    パッケージは利用できません
  • sug: sim4
    cDNA とゲノム DNA の整列用ツール
    または sibsim4
    DNA テンプレート上で expressed RNA 配列を整列
  • sug: spidey
    パッケージは利用できません
  • sug: wise
    DNA と蛋白質配列に共通の生物高分子物質を比較

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