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[ ソース: dialign-t  ]

パッケージ: dialign-tx (1.0.1-2)

セグメントベースの多重配列アライメント

DIALIGN-TX はタンパク質または DNA 配列のマルチプルアライメントを実行するた めのコマンドラインツールです。セグメントベースのアプローチの完全な再実装で あり、DIALIGN 2.2 や DIALIGN-T と比較して出力アライメントの品質を有意に向上 するいくつかの新たな改良や発見的手法を含んでいます。ペアワイズアライメント において、DIALIGN-TX は、低スコアの局所アライメントの連鎖を孤立した高スコア の断片より好む、断片連鎖アルゴリズムを使用します。マルチプルアライメントで は、偽の局所的な配列類似性に対する感度を落とすように改良された貪欲法を使用 します。

DIALIGN-TX は Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann, Burkhard Morgenstern: Improvement of the segment-based approach for multiple sequence alignment by combining greedy and progressive alignment strategies, Algorithms for Molecular Biology 3:6, 2008 にて公表されました。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: C, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: 比較, サポート形式: プレーンテキスト

その他の dialign-tx 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: dialign-tx-data (= 1.0.1-2)
    Common data files for dialign-tx
  • dep: libc6 (>= 2.7-1) [alpha, ia64 以外]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

dialign-tx のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
alpha 64.8 kB192 kB [ファイル一覧]
amd64 56.2 kB164 kB [ファイル一覧]
arm 51.7 kB148 kB [ファイル一覧]
armel 57.5 kB160 kB [ファイル一覧]
hppa 58.9 kB156 kB [ファイル一覧]
i386 51.2 kB152 kB [ファイル一覧]
ia64 82.5 kB288 kB [ファイル一覧]
mips 57.3 kB184 kB [ファイル一覧]
mipsel 57.5 kB184 kB [ファイル一覧]
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s390 55.1 kB156 kB [ファイル一覧]
sparc 55.4 kB164 kB [ファイル一覧]