パッケージ: gff2aplot (2.0-3)

PostScript により遺伝子配列向けのペア整列プロット

二つの遺伝子配列を、その注釈と一緒に可視化するプログラムです。 GFF フォーマットによる入力ファイルから、配列の PostScript 図面を作成します。 以下のメニュは、gff2aplot の多彩な機能リストです。

 * あらゆる GFF 機能に対する理解しやすい配列プロット。属性は、別々に定義
   されるので、与えたファイルの属性だけを修正したり、異なるデータセット
   にまたがった同じカスタマイズを共有することもできます。
 * 全てのパラメータは、デフォルトでプログラム内にセットされますが、gff2ps
   のような柔軟性の高いカスタマイゼーションファイルを介して全て設定可能です。
   プログラムはそのようなファイルを複数処理し、対応する図面を作成する前に
   全ての設定を集約できます。さらに、全てのカスタマイゼーションパラメータは
   コマンドラインスイッチを介してセットでき、ユーザはカスタマイズ用ファイルに
   これらのパラメータを追加する前にカスタマイズを試すことができます。
 * 配列を可視化できるファイル順序と注釈を新しい入力整列と入れ替えた場合、
   ソース順序は入力ファイルから取得されます。
 * 全ての配列スコアは、グレーおよびユーザユーザが定義した色スケールまたは
   スコアに依存する勾配を用いて gff2aplot 領域の下にある PiP ボックスに可視化できます。
 * 基本的な PostScript のデフォルトのフォントの中からスケーラブルフォントも選択
   できます。機能およびグループラベルは、可読性を向上させるため、注釈座標軸のどちらの
   方向にも回転できます。
 * このプログラムは、Unix でのフィルタとしても定義できるので、ファイル、リダイレクト
   並びにパイプからのデータの操作、標準出力への出力や標準エラー出力への警告の出力も
   可能です。
 * gff2aplot は、ユーザが定義したものを含めて、数多くの物理寸法フォーマット 
   (A0 から A10 までおよび、-see オプションで見られるマニュアルでは、より多くの
   利用可能なサイズが見られます-) を管理可能です。
   ゆえに、例えば、ポスターサイズの遺伝子マップの作成や、プロッタがサポートするロール紙を
   横長と縦長の両方で利用可能です。
 * 同じ配列プロットに異なる遺伝子配列を作図し、異なる色を用いて区別できます。
 * shape 辞書は拡張しつづけており、現在多くの機能 shape が利用可能です。(マニュアル参照)
 * 整列プロットを通した注釈投影 (いわゆるリボン) は、補完的な色埋めパターンを介して透過色
   をエミュレートします。この機能により、水平リボンと水平リボンが重なった場合に仮想混合色
   を表示します。

ホームページ: http://genome.imim.es/software/gfftools/GFF2APLOT.html

タグ: 分野: 生物学, 実装言語: Perl, ユーザインタフェース: コマンドシェル, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: データの変換, 取り扱い対象: テキスト, サポート形式: PostScript