Package: velvet (1.2.03~nozlibcopy-1)

[ Source: velvet  ]

assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte

Velvet è un assemblatore genomico de novo progettato specificatamente per le tecnologie di sequenziamento basate su sequenze corte, come Solexa o 454, sviluppato da Daniel Zerbino e Ewan Birney all'European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), vicino a Cambridge, in Gran Bretagna.

Velvet attualmente accetta sequenze molto corte, rimuove errori e poi produce frammenti contigui unici di alta qualità. Poi usa informazioni sulle paired-read, se disponibili, per recuperare le aree ripetute tra i vari frammenti contigui.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::analysing

Other Packages Related to velvet

• dep: dpkg (>= 1.15.6)

  sistema di gestione dei pacchetti di Debian

• dep: libc0.1 (>= 2.7) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  libreria C GNU embedded: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.13) [s390x]

  libreria C GNU embedded: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.7) [not ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, s390x]

• dep: libc6.1 (>= 2.7) [ia64]

  libreria C GNU embedded: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.4.0) [armel, armhf]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.4)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  libreria per la compressione - eseguibili

• rec: python

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione predefinita)

• sug: velvet-example

  dati di esempio per l'assemblatore di sequenze Velvet

Download velvet

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	674.9 kB	2,106.0 kB	[list of files]
armel	675.5 kB	2,215.0 kB	[list of files]
armhf	679.3 kB	2,017.0 kB	[list of files]
i386	679.2 kB	2,168.0 kB	[list of files]
ia64	796.8 kB	3,569.0 kB	[list of files]
kfreebsd-amd64	673.8 kB	2,013.0 kB	[list of files]
kfreebsd-i386	681.1 kB	2,070.0 kB	[list of files]
mips	665.1 kB	2,224.0 kB	[list of files]
mipsel	666.2 kB	2,225.0 kB	[list of files]
powerpc	661.0 kB	2,136.0 kB	[list of files]
s390	673.2 kB	2,206.0 kB	[list of files]
s390x	671.4 kB	2,197.0 kB	[list of files]
sparc	684.5 kB	2,267.0 kB	[list of files]