Package: glam2 (1064-1)

[ Source: glam2  ]

motivi proteici con interruzioni da sequenze non allineate

GLAM2 è un pacchetto software per trovare motivi all'interno di sequenze, tipicamente sequenze amminoacidiche o nucleotidiche. Un motivo è un modello di sequenze che si ripete: esempi tipici sono i TATA box o il motivo di prenilazione CAAX. La maggiore innovazione portata da GLAM2 è che permette di avere inserzioni e delezioni all'interno dei motivi.

Questo pacchetto include i seguenti programmi:

 glam2:       scopre motivi condivisi da un insieme di sequenze;
 glam2scan:   trova corrispondenze, all'interno di un database di
              sequenze, con un motivo scoperto da glam2;
 glam2format: converte motivi glam2 in formati di allineamento standard;
 glam2mask:   maschera motivi glam2 dalle sequenze, così che possano
              essere trovati motivi più deboli;
 glam2-purge: rimuove elementi altamente simili da un insieme di sequenze.

In questo pacchetto è stato abilitato l'algoritmo FFT (Fast Fourier Transform) per glam2.

Se si usa GLAM2, si citi: MC Frith, NFW Saunders, B Kobe, TL Bailey (2008) Discovering sequence motifs with arbitrary insertions and deletions, PLoS Computational Biology (in stampa).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Searching, Supports Format: works-with-format::TODO, works-with-format::plaintext, Works with: Need an extra tag

Other Packages Related to glam2

• dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  libreria C GNU embedded: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.13) [s390x]

  libreria C GNU embedded: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.7) [armhf]

  dep: libc6 (>= 2.7-1) [not armhf, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, s390x]

• dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [ia64]

  libreria C GNU embedded: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libfftw3-3

  libreria per calcolare la trasformata di Fourier veloce (FFT)

Download glam2

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	251.9 kB	548.0 kB	[list of files]
armel	246.5 kB	536.0 kB	[list of files]
armhf	232.4 kB	377.0 kB	[list of files]
i386	234.8 kB	460.0 kB	[list of files]
ia64	307.0 kB	756.0 kB	[list of files]
kfreebsd-amd64	249.6 kB	464.0 kB	[list of files]
kfreebsd-i386	235.7 kB	428.0 kB	[list of files]
mips	257.4 kB	608.0 kB	[list of files]
mipsel	254.7 kB	608.0 kB	[list of files]
powerpc	254.5 kB	568.0 kB	[list of files]
s390	249.8 kB	552.0 kB	[list of files]
s390x	263.5 kB	482.0 kB	[list of files]
sparc	236.7 kB	528.0 kB	[list of files]