Package: velvet (1.0.02~nozlibcopy-1)

[ Source: velvet  ]

assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte

Velvet è un assemblatore genomico de novo progettato specificatamente per le tecnologie di sequenziamento basate su sequenze corte, come Solexa o 454, sviluppato da Daniel Zerbino e Ewan Birney all'European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), vicino a Cambridge, in Gran Bretagna.

Velvet attualmente accetta sequenze molto corte, rimuove errori e poi produce frammenti contigui unici di alta qualità. Poi usa informazioni sulle paired-read, se disponibili, per recuperare le aree ripetute tra i vari frammenti contigui.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Purpose: Analysing

Other Packages Related to velvet

• dep: libc0.1 (>= 2.7) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  libreria C GNU embedded: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.7) [not ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  libreria C GNU embedded: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.7) [ia64]

  libreria C GNU embedded: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.4.0) [armel]

  libreria di supporto a GCC

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  libreria per la compressione - eseguibili

• rec: python

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione predefinita)

• sug: velvet-example

  dati di esempio per l'assemblatore di sequenze Velvet

Download velvet

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	654.5 kB	1,312.0 kB	[list of files]
armel	666.7 kB	1,316.0 kB	[list of files]
i386	665.2 kB	1,316.0 kB	[list of files]
ia64	789.8 kB	2,320.0 kB	[list of files]
kfreebsd-amd64	654.9 kB	1,250.0 kB	[list of files]
kfreebsd-i386	666.1 kB	1,280.0 kB	[list of files]
mips	711.6 kB	1,588.0 kB	[list of files]
mipsel	712.0 kB	1,588.0 kB	[list of files]
powerpc	689.2 kB	1,388.0 kB	[list of files]
s390	693.9 kB	1,388.0 kB	[list of files]
sparc	673.0 kB	1,356.0 kB	[list of files]