Package: med-bio (1.8)

[ Source: debian-med  ]

pacchetti di micro-biologia per Debian Med

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian relativi alla biologia molecolare, biologia strutturale e bioinformatica da usare per le scienze naturali.

Tags: Field: Biology, Role: Metapackage, Application Suite: Debian

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• rec: alien-hunter

  Interpolated Variable Order Motif per identificare DNA acquisito orizzontalmente

• rec: altree

  programma per effettuare analisi basate sulla filogenetica

• rec: amap-align

  allineamenti multipli di proteine con accoppiamento di sequenze

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• rec: ballview

  strumento libero per modelli e grafici molecolari

• rec: blast2

  Basic Local Alignment Search Tool

• rec: boxshade

  belle stampe di allineamenti multisequenza

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: dialign

  allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti

• rec: dialign-tx

  allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti

• rec: emboss

  European Molecular Biology Open Software Suite

• rec: exonerate

  strumento generico per il confronto di sequenze di coppie

• rec: fastdnaml

  strumento di costruzione di alberi filogenetici di sequenze di DNA

• rec: fastlink

  versione più veloce dei programmi di Linkage per pedigree

• rec: gamgi

  costruzione, vista e analisi di strutture atomiche

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• rec: gff2aplot

  grafici di allineamento di coppie per sequenze genomiche in PostScript

• rec: gff2ps

  produce PostScript grafico da file GFF

• rec: ghemical

  ambiente di modellazione molecolare per GNOME

• rec: glam2

  motivi proteici con interruzioni da sequenze non allineate

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  simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi

• rec: hmmer

  profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche

• rec: infernal

  inferenza degli allineamenti strutturali secondari dell'RNA

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  allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi

• rec: last-align

  confronto di sequenze biologiche su scala genomica

• rec: loki

  analisi MCMC di linkage in generici alberi genealogici

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  programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

• rec: maq

  mappatura di corte sequenze di lunghezza fissa di DNA polimorfo su sequenze di riferimento

• rec: massxpert

  software per la spettrometria di massa su polimeri lineari

• rec: melting

  calcola la temperatura di fusione di doppie eliche di acidi nucleici

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  strumenti per archiviare dati derivanti da PCR

• rec: mummer

  Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi

• rec: muscle

  programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche

• rec: mustang

  allineamento strutturale multiplo di proteine

• rec: ncbi-epcr

  Strumento per testare sequenze di DNA per la presenza di STS

• rec: ncbi-tools-bin

  librerie NCBI per applicazioni biologiche (utilità testuali)

• rec: ncbi-tools-x11

  librerie NCBI per applicazioni biologiche (utilità basate su X)

• rec: ncoils

  [Biology] coiled coil secondary structure prediction

• rec: njplot

  programma per disegnare alberi filogenetici

• rec: perlprimer

  progettazione grafica di primer per PCR

• rec: phyml

  stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza

• rec: picard-tools

  Command line tools to manipulate SAM and BAM files

• rec: plasmidomics

  Disegna mappe di plasmidi e vettori, esporta grafica PostScript

• rec: plink

  insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma

• rec: poa

  Partial Order Alignment per allineamenti multipli di sequenza

• rec: primer3

  strumento per progettare oligonucleotidi fiancheggianti per amplificazione di DNA

• rec: probcons

  allineamenti multipli di sequenze probabilistici basati sulla coerenza

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  sistema di grafica per molecole

• rec: r-bioc-hilbertvis

  GNU R package to visualise long vector data

• rec: r-cran-qtl

  GNU R package for genetic marker linkage analysis

• rec: r-other-bio3d

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  visualizza macromolecole biologiche

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  [biologia] conversione tra formati di sequenze

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  strumento per allineare cDNA e DNA genomico

• rec: ssake

  applicazione genomica per assemblare milioni di cortissime sequenze di DNA

• rec: staden-io-lib-utils

  programs for maniuplating DNA sequencing files

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  Allineamento di sequenze multiple

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• rec: tree-puzzle

  ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza

  or tree-ppuzzle

  ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza

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  visualizza e stampa alberi filogenetici

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  assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte

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  confronto tra biopolimeri, tipicamente DNA e sequenze proteiche

• sug: acedb-other

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• sug: acedb-other-belvu

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• sug: acedb-other-dotter

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• sug: act

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• sug: agdbnet

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• sug: amos-assembler

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• sug: amoscmp

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• sug: arb

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• sug: artemis

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• sug: asap

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• sug: autodocktools

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• sug: axparafit

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• sug: beast-mcmc

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• sug: bio-mauve

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• sug: clustalw-mpi

  MPI-distributed global sequence alignment with ClustalW

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  GUI for Clustal W

• sug: cluster3

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• sug: codonw

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• sug: compclust

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• sug: contralign

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• sug: coot

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• sug: elph

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• sug: gentle

  suite per pianificare clonazioni genetiche

• sug: glimmerhmm

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• sug: gmap

  spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

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  interfaccia grafica per calcolare la temperatura di fusione di acidi nucleici a doppia elica

• sug: meme

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• sug: mesquite

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• sug: migrate

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• sug: minimus

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• sug: mirbase

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• sug: molekel

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• sug: molphy

  Program Package for MOLecular PHYlogenetics

• sug: mothur

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• sug: mozilla-biofox

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• sug: mrbayes

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• sug: msatfinder

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• sug: mummergpu

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• sug: murasaki

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• sug: ncbi-tools++

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  package of programs for inferring phylogenies

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  framework for genomic biology

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