Paquet : boxshade (3.3.1-6)

[ Paquet source : boxshade  ]

Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

Boxshade est conçu pour l'impression de documents de qualité présentant des séquences d'ADN ou des alignements multiples de protéines. Ce n'est pas un programme de calcul d'alignements, il lui faut un fichier en entrée créé par un outil de calcul d'alignement ou édité à la main.

Boxshade lit les alignements de séquences depuis les fichiers générés par les logiciels PILEUP-PSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED et ESEE (dans la limite de 150 séquences contenant au maximum 10 000 éléments chacune). De nombreux jeux d'ombre peuvent être utilisés. La sortie est affichée à l'écran ou peut être envoyée dans un fichier dans les formats suivants : ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT, HTML.

Étiquettes: Biologie: Clustal et ALN, Acides nucléiques, biology::peptidic, field::biology, Domaine: Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: scope::utility, use::typesetting, Format pris en charge: works-with-format::html, works-with-format::plaintext, works-with-format::postscript, works-with-format::tex, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire

Autres paquets associés à boxshade

• dep: libc0.1 (>= 2.7) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  bibliothèque C GNU embarquée : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.13) [s390x]

  bibliothèque C GNU embarquée : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.7) [non ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, s390x]

• dep: libc6.1 (>= 2.7) [ia64]

  bibliothèque C GNU embarquée : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• sug: kalign

  Alignement séquentiel multiple global et progressif

  ou clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

  ou mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

  ou hmmer

  Prépare des modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live: LaTeX supplementary packages

• sug: xfig

  Programme de création graphique sous X11

Télécharger boxshade

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	52,1 ko	165,0 ko	[liste des fichiers]
armel	53,4 ko	163,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	47,7 ko	147,0 ko	[liste des fichiers]
i386	48,8 ko	160,0 ko	[liste des fichiers]
ia64	68,2 ko	258,0 ko	[liste des fichiers]
kfreebsd-amd64	52,3 ko	119,0 ko	[liste des fichiers]
kfreebsd-i386	48,6 ko	114,0 ko	[liste des fichiers]
mips	48,6 ko	176,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	49,1 ko	176,0 ko	[liste des fichiers]
powerpc	50,7 ko	167,0 ko	[liste des fichiers]
s390	53,8 ko	171,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	55,8 ko	179,0 ko	[liste des fichiers]
sparc	49,1 ko	163,0 ko	[liste des fichiers]