Paquet : flexbar (1:3.5.0-5)

[ Paquet source : flexbar  ]

code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

Le paquet Flexbar prétraite les données de séquençage efficacement et à haut débit. Il démultiplexe les lectures de code-barres et enlève les séquences d'adaptation. De plus, les fonctionnalités de découpage et de filtrage sont fournies. Le paquet Flexbar augmente les taux de correspondance et améliore les assemblages du génome et du transcriptome. Il gère les données de séquençage de dernière génération aux formats FASTA/Q et CSFASTA/Q des plateformes de l'entreprise Illumina, 454 de l'entreprise Roche et SOLiD de l'entreprise AppliedBIosystems.

Les noms de paramètres ont changé dans le paquet Flexbar. Veuillez donc vérifier vos scripts. Ces derniers mois, les paramètres par défaut ont été optimisés, plusieurs bogues ont été réparés, et diverses améliorations ont été effectuées, par exemple une interface en ligne de commande rénovée, de nouveaux modes de découpage ainsi que des exigences plus faibles en temps et en mémoire.

Autres paquets associés à flexbar

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 12)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libtbb12 (>= 2021.4.0) [amd64]

  bibliothèque de parallélisme pour C++ – environnement d’exécution

  dep: libtbb12 (>= 2021.8.0) [non amd64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger flexbar

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	347,6 ko	1 165,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	298,4 ko	1 149,0 ko	[liste des fichiers]
armel	288,9 ko	1 040,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	299,0 ko	820,0 ko	[liste des fichiers]
i386	353,1 ko	1 184,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	285,8 ko	1 321,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	336,8 ko	1 341,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	302,9 ko	1 185,0 ko	[liste des fichiers]