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[ Paquet source : boxshade  ]

Paquet : boxshade (3.3.1-4)

Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

Boxshade est conçu pour l'impression de documents de qualité présentant des séquences d'ADN ou des alignements multiples de protéines. Ce n'est pas un programme de calcul d'alignements, il lui faut un fichier en entrée créé par un outil de calcul d'alignement ou édité à la main.

Boxshade lit les alignements de séquences depuis les fichiers générés par les logiciels PILEUP-PSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED et ESEE (dans la limite de 150 séquences contenant au maximum 10 000 éléments chacune). De nombreux jeux d'ombre peuvent être utilisés. La sortie est affichée à l'écran ou peut être envoyée dans un fichier dans les formats suivants : ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT, HTML.

Étiquettes: Biology: Clustal/ALN, Nucleic Acids, Proteins, Software Development: Prettyprint, Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Typesetting, Supports Format: HTML, Hypertext Markup Language, Plain Text, PostScript, TeX and LaTeX

Autres paquets associés à boxshade

  • dépendances
  • recommandations
  • suggestions
  • dep: libc6 (>= 2.7-1) [non ia64]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [ia64]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
  • sug: kalign
    Global and progressive multiple sequence alignment
    ou clustalw
    global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
    ou mafft
    programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés
    ou hmmer
    Prépare des modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences
  • sug: seaview
    Éditeur d'alignements de séquences multiples
  • sug: texlive-latex-extra
    TeX Live: LaTeX supplementary packages
  • sug: xfig
    Programme de création graphique sous X11

Télécharger boxshade

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
amd64 51,8 ko244 ko [liste des fichiers]
armel 52,7 ko244 ko [liste des fichiers]
hppa 53,7 ko252 ko [liste des fichiers]
i386 45,8 ko172 ko [liste des fichiers]
ia64 66,7 ko336 ko [liste des fichiers]
mips 52,3 ko280 ko [liste des fichiers]
mipsel 52,4 ko280 ko [liste des fichiers]
powerpc 51,1 ko248 ko [liste des fichiers]
s390 53,0 ko248 ko [liste des fichiers]
sparc 49,2 ko240 ko [liste des fichiers]