Paquet : shogun-python-modular (1.1.0-4 et autres)

[ Paquet source : shogun  ]

Large Scale Machine Learning Toolbox

SHOGUN - is a new machine learning toolbox with focus on large scale kernel methods and especially on Support Vector Machines (SVM) with focus to bioinformatics. It provides a generic SVM object interfacing to several different SVM implementations. Each of the SVMs can be combined with a variety of the many kernels implemented. It can deal with weighted linear combination of a number of sub-kernels, each of which not necessarily working on the same domain, where an optimal sub-kernel weighting can be learned using Multiple Kernel Learning. Apart from SVM 2-class classification and regression problems, a number of linear methods like Linear Discriminant Analysis (LDA), Linear Programming Machine (LPM), (Kernel) Perceptrons and also algorithms to train hidden markov models are implemented. The input feature-objects can be dense, sparse or strings and of type int/short/double/char and can be converted into different feature types. Chains of preprocessors (e.g. substracting the mean) can be attached to each feature object allowing for on-the-fly pre-processing.

SHOGUN comes in different flavours, a stand-a-lone version and also with interfaces to Matlab(tm), R, Octave, Readline and Python. This is the modular Python package employing swig.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Développement de logiciel: Programmation Python, devel::library, field::biology, Domaine: Bio-informatique, field::mathematics, field::statistics, Mis en œuvre en: C++, implemented-in::python, role::devel-lib, But: Analyse, Apprentissage

Autres paquets associés à shogun-python-modular

• dep: libarpack2 (>= 2.1) [amd64, armel, i386, powerpc, s390x, sparc]

  Fortran77 subroutines to solve large scale eigenvalue problems

• dep: libatlas3gf-base [non alpha, armel, powerpc, sh4]

  Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared

• dep: libblas3gf [alpha, armel, powerpc, sh4]

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3gf

  paquet virtuel fourni par libatlas3gf-base, libblas3gf, libopenblas-base

  ou libatlas3gf-base

  Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared

• dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  bibliothèque C GNU embarquée : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc0.1-udeb

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa, powerpcspe]

  bibliothèque C GNU embarquée : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.13) [s390x, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.2.5) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.3.6-6~) [i386]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, mips, mipsel, powerpc]

  dep: libc6 (>= 2.6) [sparc]

• dep: libc6.1 (>= 2.2) [ia64]

  bibliothèque C GNU embarquée : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc1 [powerpcspe]

  Bibliothèque de support GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [alpha, amd64, i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, s390x, sparc]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [mips, mipsel, powerpc, sh4]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.4.0) [armel, armhf]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Bibliothèque de support GCC

• dep: libglpk0 (>= 4.30)

  linear programming kit with integer (MIP) support

• dep: libhdf5-7 (>= 1.8.7) [amd64, armel, i386, s390x, sparc]

  Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - serial version
  un paquet virtuel est également fourni par libhdf5-7, libhdf5-mpich2-7, libhdf5-openmpi-7

• dep: libhdf5-serial-1.8.4 [non amd64, armel, i386, s390x, sparc]

  Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - serial version

  ou libhdf5-1.8.4

  paquet virtuel fourni par libhdf5-lam-1.8.4, libhdf5-mpich-1.8.4, libhdf5-openmpi-1.8.4, libhdf5-serial-1.8.4

• dep: libjson0 [amd64, armel, armhf, i386, powerpc, s390x, sparc]

  JSON manipulation library - shared library

• dep: liblapack3gf [alpha, armel, powerpc, sh4]

  bibliothèque de routines d'algèbre linéaire, 3 - version partagée

  ou liblapack.so.3gf

  paquet virtuel fourni par libatlas3gf-base, liblapack3gf

  ou libatlas3gf-base

  Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared

• dep: liblzma2 (>= 4.999.9beta) [non amd64, armel, i386, powerpc, s390x, sparc]

  librairie de compression au format XZ

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809) [amd64, armel, i386, powerpc, s390x, sparc]

  librairie de compression au format XZ

• dep: liblzo2-2

  Bibliothèque de compression de données

• dep: libpython2.6 (>= 2.6)

  bibliothèque partagée d'exécution Python (version 2.6)

• dep: libpython2.7 (>= 2.7) [amd64, armel, i386, powerpc, s390x, sparc]

  bibliothèque d'exécution partagée Python - version 2.7

• dep: libshogun11 (= 1.1.0-1) [powerpc]

  Large Scale Machine Learning Toolbox

  dep: libshogun11 (= 1.1.0-4) [amd64, armel, i386, s390x, sparc]

• dep: libshogun9 (= 0.10.0-2) [hppa, powerpcspe]

  Large Scale Machine Learning Toolbox

  dep: libshogun9 (= 0.10.0-2.1) [alpha, armhf, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, mips, mipsel]

  dep: libshogun9 (= 0.10.0-2.1+b1) [sh4]

• dep: libstdc++6 [powerpcspe]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [non armel, armhf, powerpcspe]

  dep: libstdc++6 (>= 4.3.0) [armel]

  dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [armhf]

• dep: libunwind7 [ia64]

  Bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme (exécutables)

• dep: libxml2 (>= 2.6.27) [amd64, armel, armhf, i386, powerpc, s390x, sparc]

  Bibliothèque XML GNOME

• dep: python (<< 2.7) [non amd64, armel, i386, powerpc, s390x, sparc]

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version par défaut)

  dep: python (<< 2.8) [amd64, armel, i386, powerpc, s390x, sparc]

  dep: python (>= 2.6) [non alpha, amd64, armel, i386, powerpc, s390x, sparc]

• dep: python (>= 2.6) [alpha]

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version par défaut)

  ou python2.6

  un langage interactif de haut niveau orienté objet (version 2.6)

• dep: python (>= 2.6.6-7~) [amd64, armel, i386, powerpc, s390x, sparc]

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version par défaut)

• dep: python-numpy (<< 1:1.5) [hppa, powerpcspe]

  gestion rapide des tableaux avec Python

  dep: python-numpy (<< 1:1.6) [non hppa, powerpcspe, s390x]

  dep: python-numpy (>= 1:1.4.1) [hppa, powerpcspe, s390x]

  dep: python-numpy (>= 1:1.5.1) [non hppa, powerpcspe, s390x]

• dep: python-numpy-abi9 [s390x]

  paquet virtuel fourni par python-numpy

• dep: python-support (>= 0.90.0) [non amd64, armel, i386, powerpc, s390x, sparc]

  Support de la reconstruction automatique pour les modules python

• dep: python2.7 [amd64, armel, i386, powerpc, s390x, sparc]

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version 2.7)

  ou python2.6

  un langage interactif de haut niveau orienté objet (version 2.6)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: python-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• rec: python-scipy

  scientific tools for Python

Télécharger shogun-python-modular

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.10.0-2.1	5 004,6 ko	18 707,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.1.0-4	5 806,7 ko	26 644,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.1.0-4	5 019,2 ko	21 333,0 ko	[liste des fichiers]
armhf (portage non officiel)	0.10.0-2.1	4 676,3 ko	13 384,0 ko	[liste des fichiers]
hppa	0.10.0-2	5 197,4 ko	23 708,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.1.0-4	5 899,6 ko	27 178,0 ko	[liste des fichiers]
ia64	0.10.0-2.1	5 634,9 ko	30 528,0 ko	[liste des fichiers]
kfreebsd-amd64	0.10.0-2.1	5 003,2 ko	16 778,0 ko	[liste des fichiers]
kfreebsd-i386	0.10.0-2.1	4 883,7 ko	16 378,0 ko	[liste des fichiers]
mips	0.10.0-2.1	4 185,3 ko	18 576,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	0.10.0-2.1	4 110,9 ko	18 572,0 ko	[liste des fichiers]
powerpc	1.1.0-1	5 326,4 ko	23 548,0 ko	[liste des fichiers]
powerpcspe (portage non officiel)	0.10.0-2	4 882,1 ko	17 004,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.1.0-4	5 659,0 ko	25 309,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.10.0-2.1+b1	5 346,9 ko	17 864,0 ko	[liste des fichiers]
sparc	1.1.0-4	5 234,6 ko	24 041,0 ko	[liste des fichiers]