[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Paquet source : seaview  ]

Paquet : seaview (1:4.2-1 et autres) [non-free]

Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees. Alignments can be manually edited. It drives the programs Muscle or Clustal W for multiple sequence alignment, and also allows to use any external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files. It computes phylogenetic trees by parsimony using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm, by distance with NJ or BioNJ algorithms on a variety of evolutionary distances, or by maximum likelihood using the program PhyML 3.0. SeaView draws phylogenetic trees on screen or PostScript files, and allows to download sequences from EMBL/GenBank/UniProt using the Internet.

Autres paquets associés à seaview

  • dépendances
  • recommandations
  • suggestions
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    un paquet virtuel est également fourni par libc0.3-udeb
  • dep: libc6 [powerpc]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.3) [amd64, hppa, i386]
    dep: libc6 (>= 2.4) [s390]
    dep: libc6 (>= 2.6) [sparc]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [armel, mips, mipsel]
  • dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
    Embedded GNU C Library: Shared libraries
    un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [ia64]
  • dep: libfltk1.1 (>= 1.1.6)
    Fast Light Toolkit - shared libraries
  • dep: libfontconfig1 (>= 2.4.0) [non armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    Bibliothèque de configuration de polices générique - exécutables
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [non armel, hppa, hurd-i386]
    Bibliothèque de support GCC
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [armel]
    dep: libgcc1 (>= 4.2.1) [hurd-i386]
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
    Bibliothèque de support GCC
  • dep: libjpeg62
    La bibliothèque d'exécution JPEG de l'« Independent JPEG Group »
  • dep: libpng12-0 (>= 1.2.13-4)
    Bibliothèque PNG (exécutables)
  • dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [non armel]
    Bibliothèque standard C++ de GNU, version 3
    dep: libstdc++6 (>= 4.3) [armel]
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    Bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme (exécutables)
  • dep: libx11-6
    Bibliothèque X11 partie client
  • dep: libxext6 [non armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    bibliothèque de diverses extensions pour X11
  • dep: libxft2 (>> 2.1.1) [non armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    Bibliothèque de tracé de polices basées sur FreeType pour X
  • dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
    Bibliothèque de compression - binaires
  • rec: clustalw [non armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
  • rec: muscle [non armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    Programme d'alignements multiples de séquences de protéine
  • rec: phyml [non armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
  • rec: xterm [armel, hurd-i386, ia64, mips, mipsel]
    Émulateur de terminal X
  • sug: clustalw
    global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
  • sug: muscle
    Programme d'alignements multiples de séquences de protéine

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Architecture Version Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha 1:4.2-1 313,9 ko828 ko [liste des fichiers]
amd64 1:4.2-1 264,9 ko684 ko [liste des fichiers]
armel 1:3.2-1 170,3 ko464 ko [liste des fichiers]
hppa 1:4.2-1 288,3 ko700 ko [liste des fichiers]
hurd-i386 1:3.2-1 177,3 ko480 ko [liste des fichiers]
i386 1:4.2-1 247,0 ko648 ko [liste des fichiers]
ia64 1:3.2-1 261,8 ko768 ko [liste des fichiers]
mips 1:3.2-1 190,2 ko576 ko [liste des fichiers]
mipsel 1:3.2-1 190,1 ko576 ko [liste des fichiers]
powerpc 1:4.1-1 274,5 ko712 ko [liste des fichiers]
s390 1:4.2-1 263,5 ko672 ko [liste des fichiers]
sparc 1:4.2-1 248,1 ko648 ko [liste des fichiers]