[  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: proda  ]

Paquet : proda (1.0-7)

Alignement multiple de séquences protéiques

ProDA est un programme pour détecter et aligner les régions homologues dans des collections de protéines comportant divers arrangements de domaines. À partir d'un ensemble de séquences non alignées, ProDA identifiera toutes les régions homologues apparaissant dans une ou plusieurs séquences et renverra une collection d'alignements multiples locaux pour chacune d'entre elles.

ProDA est publié dans : « Multiple alignment of protein sequences with repeats and rearrangements » de T.M. Phuong, C.B. Do, R.C. Edgar et S. Batzoglou. Nucleic Acids Research 2006 34(20), 5932-5942.

Étiquettes: Biology: biology::format:fasta, Nucleic Acids, Proteins, Field: Biology, Implemented in: C++, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Analysing, Comparing, Supports Format: Plain Text

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  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [not arm, armel, hppa, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
    Bibliothèque de support GCC
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [arm, armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
    Bibliothèque de support GCC
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
    Bibliothèque de support GCC
  • dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [not armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Bibliothèque standard C++ de GNU, version 3
    dep: libstdc++6 (>= 4.3) [armel, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    Bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme (exécutables)

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Architecture Taille du paquet Espace occupé Fichiers
alpha 73.1 ko232 ko [liste des fichiers]
amd64 66.6 ko196 ko [liste des fichiers]
arm 70.0 ko196 ko [liste des fichiers]
armel 64.5 ko184 ko [liste des fichiers]
hppa 73.1 ko208 ko [liste des fichiers]
i386 62.0 ko144 ko [liste des fichiers]
ia64 99.3 ko376 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-amd64 (portage non officiel) 66.6 ko168 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-i386 (portage non officiel) 62.8 ko158 ko [liste des fichiers]
m68k 54.8 ko184 ko [liste des fichiers]
mips 70.0 ko248 ko [liste des fichiers]
mipsel 70.2 ko248 ko [liste des fichiers]
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s390 62.4 ko188 ko [liste des fichiers]
sparc 63.2 ko192 ko [liste des fichiers]