[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: primer3  ]

Paquet : primer3 (1.1.4-1)

Outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

Primer3 choisit des amorces pour des réactions de polymérisation en chaîne, avec les critères suivants : la température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur contenu en GC et la possibilité de former des dimères ; la taille du produit de PCR ; les contraintes positionnelles dans la séquence source ; diverses autres contraintes. Tous ces critères peuvent êtres spécifiés comme des contraintes par l'utilisateur et certains sont spécifiables comme les termes d'une fonction objective qui caractérise une paire idéale d'amorces.

Primer3 a été publié dans « Rozen S. & Skaletsky H., Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. », Methods Mol Biol. 2000;132:365-86.

L'institut Whitehead pour la recherche biomédicale fournit une interface web pour Primer3.

Étiquettes: Field: Biology, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Supports Format: Plain Text

Autres paquets associés à primer3

  • depends
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  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • sug: ncbi-epcr
    Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites

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Architecture Taille du paquet Espace occupé Fichiers
alpha 106.8 ko276 ko [liste des fichiers]
amd64 98.0 ko244 ko [liste des fichiers]
arm 99.9 ko240 ko [liste des fichiers]
armel 105.9 ko256 ko [liste des fichiers]
hppa 103.1 ko240 ko [liste des fichiers]
hurd-i386 95.7 ko236 ko [liste des fichiers]
i386 96.5 ko196 ko [liste des fichiers]
ia64 137.7 ko420 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-amd64 (portage non officiel) 101.7 ko212 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-i386 (portage non officiel) 97.1 ko198 ko [liste des fichiers]
m68k 88.0 ko228 ko [liste des fichiers]
mips 102.5 ko272 ko [liste des fichiers]
mipsel 102.6 ko272 ko [liste des fichiers]
powerpc 102.2 ko252 ko [liste des fichiers]
s390 97.7 ko236 ko [liste des fichiers]
sparc 97.8 ko248 ko [liste des fichiers]