[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  sid  ]
[ Source: kalign  ]

Paquet : kalign (2.03-2)

Alignement multiple, global et progressif de séquences

Kalign est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements multiples de séquences. Il utilise l'algorithme Wu-Manber de reconnaissance de chaîne, pour améliorer la précision et la vitesse de l'alignement. Il effectue ses alignements selon une approche globale et progressive, améliorée par une approximation de l'algorithme de reconnaissance de chaîne pour calculer les distances entre séquences sont calculées et par l'utilisation des appariements locaux dans l'alignement global. D'après les tests comparatifs faits par ses auteurs, Kalign est environ dix fois plus rapide que ClustalW et jusqu'à cinquante fois plus rapide que les méthodes itératives les plus répandues (selon la taille de l'alignement). Il a été publié dans Lassmann et Sonnhammer, BMC Bioinformatics 2005, 6:298.

Étiquettes: Biology: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Nucleic Acids, Proteins, Field: Biology, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text

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  • dep: libc0.1 (>= 2.7-1) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
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    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
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    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb

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