Paquet : e-mem (1.0.1-5 et autres)

[ Paquet source : e-mem  ]

calcul efficace des MEM pour de très grands génomes

E-MEM permet le calcul efficace du nombre maximal de correspondances (MEM — Maximum Exact Matches) qui n’utilise pas des index pour tout le texte. L’algorithme utilise beaucoup moins d’espace et est hautement accommodant à la parallélisation. Il peut calculer tous les MEM de longueur minimale 100 entre le génome humain entier et celui de la souris sur une machine de 10 cœurs en 10 minutes et avec 2 GB de mémoire. La mémoire nécessaire peut être aussi basse que 600 MB. Il peut utiliser efficacement des génomes de toute taille. Des tests exhaustifs et des comparaisons avec les meilleurs algorithmes actuels sont fournis.

Mummer possède plusieurs scripts différents dont un est le programme clé du calcul de MEM. Dans tous les scripts, le programme de calcul de MEM peut être remplacé par e-mem aisément pour de meilleures performances.

Autres paquets associés à e-mem

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [non riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• enh: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

Télécharger e-mem

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.1-5	33,7 ko	106,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.1-5	34,0 ko	106,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.1-5	31,0 ko	94,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0.1-5	33,9 ko	101,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0.1-5	33,6 ko	81,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.0.1-5	39,3 ko	106,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0.1-5	40,2 ko	117,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.0.1-5	43,8 ko	162,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0.1-5	37,8 ko	113,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.1-5	33,7 ko	117,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.0.1-5	34,8 ko	162,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.1-5	34,5 ko	162,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.1-5+b1	33,6 ko	87,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.0.1-5	31,5 ko	102,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.1-5	46,7 ko	105,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.1-5	30,4 ko	100,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0.1-5	34,4 ko	101,0 ko	[liste des fichiers]