[  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Paquet source : dialign-t  ]

Paquet : dialign-tx (1.0.2-1)

alignement séquentiel multiple basé sur les segments

DIALIGN-TX est un outil en ligne de commandes pour réaliser un alignement multiple de séquences de protéines ou d'ADN. C'est une ré-implémentation complète de l'approche basée sur les segments incluant plusieurs nouvelles améliorations et heuristiques qui améliore significativement la qualité des alignements en sortie comparée à DIALIGN 2.2 et DIALIGN-T. Pour les alignements par paires, DIALIGN-TX utilise un algorithme de « fragment- chaining » qui favorise les chaînes d'alignements locaux de faible score plutôt que les fragments isolés de score élevé. Pour l'alignement multiple, DIALIGN-TX utilise une procédure gloutonne améliorée qui est moins sensible aux fausses similitudes locales des séquences.

DIALIGN-TX a été publié par Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann, Burkhard Morgenstern :Amélioration de l'approche basée sur les segments pour l'alignement séquentiel multiple en combinant des stratégies d'alignement gloutonnes et progressives, Algorithmes pour la Biologie Moléculaire 3:6, 2008

Étiquettes: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text

Autres paquets associés à dialign-tx

  • dépendances
  • recommandations
  • suggestions
  • dep: dialign-tx-data (= 1.0.2-1)
    Common data files for dialign-tx
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [non alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

Télécharger dialign-tx

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha 65,0 ko192 ko [liste des fichiers]
amd64 56,4 ko164 ko [liste des fichiers]
armel 57,7 ko160 ko [liste des fichiers]
avr32 (portage non officiel) 61,5 ko160 ko [liste des fichiers]
hppa 59,2 ko156 ko [liste des fichiers]
hurd-i386 50,8 ko152 ko [liste des fichiers]
i386 51,4 ko152 ko [liste des fichiers]
ia64 82,7 ko288 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-amd64 56,4 ko134 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-i386 51,3 ko122 ko [liste des fichiers]
m68k (portage non officiel) 44,2 ko148 ko [liste des fichiers]
mips 57,5 ko184 ko [liste des fichiers]
mipsel 57,7 ko184 ko [liste des fichiers]
powerpc 59,3 ko164 ko [liste des fichiers]
s390 55,3 ko156 ko [liste des fichiers]
sparc 55,5 ko164 ko [liste des fichiers]