[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Paquet source : clustalw  ]

Paquet : clustalw (2.0.12-1 et autres) [non-free]

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

This program performs an alignment of multiple nucleotide or amino acid sequences. It recognizes the format of input sequences and whether the sequences are nucleic acid (DNA/RNA) or amino acid (proteins). The output format may be selected from in various formats for multiple alignments such as Phylip or FASTA. Clustal W is very well accepted.

The output of Clustal W can be edited manually but preferably with an alignment editor like SeaView or within its companion Clustal X. When building a model from your alignment, this can be applied for improved database searches. The Debian package hmmer creates such in form of an HMM.

Étiquettes: Biology: Clustal/ALN, biology::format:fasta, Nucleic Acids, Proteins, Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C++, User Interface: Command Line, Text-based Interactive, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text

Autres paquets associés à clustalw

  • dépendances
  • recommandations
  • suggestions
  • dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]
    dep: libc6 (>= 2.2.5) [amd64]
    dep: libc6 (>= 2.4) [armel, s390]
    dep: libc6 (>= 2.6) [sparc]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [mips, mipsel, powerpc]
  • dep: libc6.1 (>= 2.2) [ia64]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [non armel, hppa]
    Bibliothèque de support GCC
    dep: libgcc1 (>= 1:4.4.0) [armel]
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
    Bibliothèque de support GCC
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1) [non armel]
    Bibliothèque standard C++ de GNU, version 3
    dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [armel]
  • dep: libunwind7 [ia64]
    Bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme (exécutables)
  • sug: clustalx
    Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences (graphical interface)
  • sug: seaview
    Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Télécharger clustalw

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture Version Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha 2.0.12-1 368,9 ko1064 ko [liste des fichiers]
amd64 2.0.12-1 332,7 ko880 ko [liste des fichiers]
armel 2.0.12-1 320,4 ko804 ko [liste des fichiers]
hppa 2.0.12-1 373,9 ko900 ko [liste des fichiers]
i386 2.0.12-1 318,4 ko852 ko [liste des fichiers]
ia64 2.0.12-1 464,1 ko1532 ko [liste des fichiers]
mips 2.0.10-1 330,3 ko1104 ko [liste des fichiers]
mipsel 2.0.10-1 329,9 ko1040 ko [liste des fichiers]
powerpc 2.0.10-1 336,5 ko876 ko [liste des fichiers]
s390 2.0.12-1 318,9 ko832 ko [liste des fichiers]
sparc 2.0.12-1 351,2 ko948 ko [liste des fichiers]