Paquet : garlic (1.6-1)

Logiciel de visualisation de biomolécules

Garlic a été écrit pour l'analyse des protéines membranaires. Il permet aussi de visualiser les autres protéines, ainsi que d'autres objets géométriques. Cette version de Garlic reconnaît le format PDB version 2.1. Garlic peut aussi être utilisé pour analyser des séquences protéiques.

Il dépend uniquement des bibliothèques X, aucune autre bibliothèque n'est nécessaire.

Parmi ses fonctions :

 - la position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une petite
    fenêtre ;
 - les liaisons atomiques et les atomes sont traités comme des objets
    indépendants pour l'affichage ;
 - la couleur des atomes et des liaisons dépend de leur position. Cinq
    modes sont disponibles (comme pour la tranche) ;
 - il est capable de représenter des images stéréographiques ;
 - il est capable de représenter d'autres objets géométriques, comme une
    membrane ;
 - l'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de
    la souris au-dessus. Pas besoin de clic, il suffit de déplacer le
    pointeur au-dessus ;
 - il est capable de charger plus d'une structure ;
 - il est capable de représenter les diagrammes de Ramachandran, les roues
    hélicoïdales, les diagrammes de Venn, les profils d'hydrophobicité et
    les moments hydrophobes ;
 - l'invite de commande est disponible au bas de la fenêtre principale.
    Un message d'erreur et une ligne de commande peuvent être affichés.

Étiquettes: Field: Biology, Chemistry, User Interface: X Window System, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Data Visualization, X Window System: Application