Paquet : molphy (2.3b3-5) [non-free]

[ Paquet source : molphy  ]

Program Package for MOLecular PHYlogenetics

ProtML is a main program in MOLPHY for inferring evolutionary trees from PROTein (amino acid) sequences by using the Maximum Likelihood method. Other programs (C language)

 NucML:  Maximum Likelihood Inference of Nucleic Acid Phylogeny
 ProtST: Basic Statistics of Protein Sequences
 NucST:  Basic Statistics of Nucleic Acid Sequences
 NJdist: Neighbor Joining Phylogeny from Distance Matrix

Utilities (Perl)

 mollist:  get identifiers list        molrev:   reverse DNA sequences
 molcat:   concatenate sequences       molcut:   get partial sequences
 molmerge: merge sequences             nuc2ptn:  DNA -> Amino acid
 rminsdel: remove INS/DEL sites        molcodon: get specified codon sites
 molinfo:  get varied sites            mol2mol:  MOLPHY format beautifer
 inl2mol:  Interleaved -> MOLPHY       mol2inl:  MOLPHY -> Interleaved
 mol2phy:  MOLPHY -> Sequential        phy2mol:  Sequential -> MOLPHY
 must2mol: MUST -> MOLPHY              etc.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: C, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: Analyse, Comparaison

Autres paquets associés à molphy

• dep: libc6 (>= 2.7-1) [non alpha, ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: perl

  Langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: phylip

  [Biology] A package of programs for inferring phylogenies

Télécharger molphy

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha	298,1 ko	960,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	276,1 ko	876,0 ko	[liste des fichiers]
arm	267,0 ko	832,0 ko	[liste des fichiers]
armel	307,2 ko	912,0 ko	[liste des fichiers]
hppa	291,2 ko	872,0 ko	[liste des fichiers]
i386	236,0 ko	816,0 ko	[liste des fichiers]
ia64	410,4 ko	1 432,0 ko	[liste des fichiers]
mips	310,4 ko	1 024,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	311,2 ko	984,0 ko	[liste des fichiers]
powerpc	299,7 ko	908,0 ko	[liste des fichiers]
s390	268,2 ko	856,0 ko	[liste des fichiers]
sparc	268,5 ko	840,0 ko	[liste des fichiers]