Paquet : dialign-tx (1.0.1-2)

alignement séquentiel multiple basé sur les segments

DIALIGN-TX est un outil en ligne de commandes pour réaliser un alignement multiple de séquences de protéines ou d'ADN. C'est une ré-implémentation complète de l'approche basée sur les segments incluant plusieurs nouvelles améliorations et heuristiques qui améliore significativement la qualité des alignements en sortie comparée à DIALIGN 2.2 et DIALIGN-T. Pour les alignements par paires, DIALIGN-TX utilise un algorithme de « fragment- chaining » qui favorise les chaînes d'alignements locaux de faible score plutôt que les fragments isolés de score élevé. Pour l'alignement multiple, DIALIGN-TX utilise une procédure gloutonne améliorée qui est moins sensible aux fausses similitudes locales des séquences.

DIALIGN-TX a été publié par Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann, Burkhard Morgenstern :Amélioration de l'approche basée sur les segments pour l'alignement séquentiel multiple en combinant des stratégies d'alignement gloutonnes et progressives, Algorithmes pour la Biologie Moléculaire 3:6, 2008

Étiquettes: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Comparing, Supports Format: Plain Text