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[ Paquet source : amap-align  ]

Paquet : amap-align (2.2-1)

Alignement multiple de séquences protéiques par appariement

AMAP est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements multiples de séquences peptidiques. Il utilise le décodage a posteriori, et l'alignement par appariement de séquence, au lieu de la méthode traditionnelle d'alignement progressif. C'est le seul programme permettant le contrôle de la sensibilité et de la spécificité. Il est basé sur le code source de ProbCons mais utilise une métrique de précision et élimine la transformation de cohérence.

L'outil java de visualisation de AMAP 2.2 n'est pas encore disponible en paquets Debian.

Étiquettes: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C++, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Analysing, Comparing, Supports Format: Plain Text

Autres paquets associés à amap-align

  • dépendances
  • recommandations
  • suggestions
  • dep: libc6 (>= 2.7-1) [non alpha, ia64]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1-21) [non arm, armel, hppa]
    Bibliothèque de support GCC
    dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [arm, armel]
  • dep: libgcc4 (>= 4.1.1-21) [hppa]
    Bibliothèque de support GCC
  • dep: libstdc++6 (>= 4.2.1-4) [non armel]
    Bibliothèque standard C++ de GNU, version 3
    dep: libstdc++6 (>= 4.3) [armel]
  • dep: libunwind7 (>= 0.98.5-6) [ia64]
    Bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme (exécutables)

Télécharger amap-align

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Architecture Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha 162,6 ko356 ko [liste des fichiers]
amd64 135,6 ko324 ko [liste des fichiers]
arm 143,5 ko273 ko [liste des fichiers]
armel 130,7 ko304 ko [liste des fichiers]
hppa 157,9 ko328 ko [liste des fichiers]
i386 124,4 ko256 ko [liste des fichiers]
ia64 222,6 ko568 ko [liste des fichiers]
mips 155,7 ko384 ko [liste des fichiers]
mipsel 156,4 ko384 ko [liste des fichiers]
powerpc 149,5 ko316 ko [liste des fichiers]
s390 125,1 ko304 ko [liste des fichiers]
sparc 131,5 ko316 ko [liste des fichiers]