[  etch  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Paquet source : molphy  ]

Paquet : molphy (2.3b3-2) [non-free]

[Biology] Program Package for MOLecular PHYlogenetics

ProtML is a main program in MOLPHY for inferring evolutionary trees from PROTein (amino acid) sequences by using the Maximum Likelihood method. Other programs (C language) 

 NucML:  Maximum Likelihood Inference of Nucleic Acid Phylogeny
 ProtST: Basic Statistics of Protein Sequences
 NucST:  Basic Statistics of Nucleic Acid Sequences
 NJdist: Neighbor Joining Phylogeny from Distance Matrix
Utilities (Perl) 
 mollist:  get identifiers list        molrev:   reverse DNA sequences
 molcat:   concatenate sequences       molcut:   get partial sequences
 molmerge: merge sequences             nuc2ptn:  DNA -> Amino acid
 rminsdel: remove INS/DEL sites        molcodon: get specified codon sites
 molinfo:  get varied sites            mol2mol:  MOLPHY format beautifer
 inl2mol:  Interleaved -> MOLPHY       mol2inl:  MOLPHY -> Interleaved
 mol2phy:  MOLPHY -> Sequential        phy2mol:  Sequential -> MOLPHY
 must2mol: MUST -> MOLPHY              etc.

Homepage: http://www.ism.ac.jp/ismlib/softother.e.html

Étiquettes: Field: Biology, Implemented in: C, Role: Program, Scope: Application

Autres paquets associés à molphy

  • dépendances
  • recommandations
  • suggestions
  • dep: libc6 (>= 2.3.2.ds1-21) [i386, sparc]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.3.5-1) [non alpha, i386, ia64, sparc]
  • dep: libc6.1 (>= 2.3.2.ds1-21) [alpha]
    bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
    un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.3.5-1) [ia64]
  • dep: perl
    Langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
  • sug: phylip
    [Biology] A package of programs for inferring phylogenies

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Architecture Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha 356,4 ko996 ko [liste des fichiers]
arm 266,8 ko852 ko [liste des fichiers]
hppa 317,3 ko892 ko [liste des fichiers]
i386 250,8 ko832 ko [liste des fichiers]
ia64 428,3 ko1552 ko [liste des fichiers]
mips 315,7 ko1188 ko [liste des fichiers]
mipsel 317,3 ko1080 ko [liste des fichiers]
powerpc 286,8 ko908 ko [liste des fichiers]
sparc 278,2 ko848 ko [liste des fichiers]